425 黑色的冲击！黑色组织魔爪伸来的瞬间
小五郎在与播音员水无怜奈的对话中得知她被恶作剧的门铃所困扰一事，便与柯南及兰一同前往怜奈的家。
小五郎等人虽然抓到了犯人,但此时，柯南却从安装的窃听器中觉察到怜奈实际是黑色组织同党一事。
随后，黑色组织制定了于下午1点在edayP暗杀一个代号为DJ的人的计划。密切关注着怜奈的FBI探员朱蒂决定联手柯南，为了阻止暗杀计划，就要知道ADP和DJ的意思是什么，随即展开了推理…。
阻止了第一次暗杀的柯南从窃听器中得知组织将对DJ进行第二次暗杀，地点在vane B，推理出vaneB是鸟屋大桥，FBI占得先机，设计抓捕骑着摩托的贝尔摩得，却不料发生车祸，这时FBI才发现已经倒地昏迷的人不是贝尔摩得而是水无怜奈，于是立即把她送入医院，进行监护。
484 黑色照片的去向（前篇）
柯南从兰和园子的对话中得知，本堂瑛祐正在四处寻找水无怜奈。与此同时，平次找上了柯南。平次告诉柯南，他找到了认识小时候的本堂的人。那人正是通天阁附近的煎菜饼店的店长。
据店长透露，本堂的父亲带着年幼的儿子、时常来光顾的。而且，让平次更惊讶的是，本堂的父亲还常和身着黑衣的外国人来店里……。
491 红与黑的碰撞 开始
柯南将取得了本堂瑛祐小时候和父亲的照片一事，及本堂的父亲等人的会话内容在电话里告知了平次。2人觉得本堂的父亲与黑色组织之间似乎有某些关联。电话后，柯南与小兰、园子一起前往西米花医院看望初中时的同学。探望后出来，园子在医院的走廊看见了本堂。本堂手持水无怜奈的照片向护士打听着什么…。
492 红与黑的碰撞 血缘
柯南等人在看到了本堂姐姐的照片，庵野也只能确认自己只见过怜奈年轻的时候。庵野用旧影像资料进行了确认。那个录像是报导工厂发生爆炸事故的现场节目。由于要输血，护士在寻找AB型的人，当听到需AB型的话时，怜奈作出了要去献血的举动。因此，本堂作出了怜奈不是自己姐姐的结论。此时，柯南打算让本堂告诉大家，他和自己姐姐之间有关血型的事情…。
495 红与黑的碰撞 昏睡
柯南向灰原讲述了本堂瑛祐的姐姐和水无怜奈并不是同一个人。柯南回家后兰告诉他，自从放寒假就联系不到本堂了，并且说在寒假之前好像听到本堂说过在杯子户中央医院发现了什么线索，柯南以为是水无怜奈所在的医院被本堂找到了。但其实本堂所讲的线索是指他音信皆无的父亲，他好像是找到了他父亲公司的同事…。
496 红与黑的碰撞 入侵
杯户中央医院的护士雅江告诉柯南，本堂瑛祐在别家医院里动过手术一事。据说本堂曾患白血病，在搬来大阪前动了手术。随后，FBI成员James前来报告，潜伏在医院的黑衣组织成员就在右脚骨折的新木张太郎、颈椎扭伤的楠田陆道和急性腰痛的西矢忠吾这3人之中。James等人寻思着如何找出那人…。
497 红与黑的碰撞 觉醒
深夜，打算寻找组织同伙的楠田潜入了护士值班室。朱蒂等人虽打算进行抓捕，但是楠田趁乱逃走。随后，楠田驾车逃跑途中，发觉被赤井跟踪，遂自杀。朱蒂对组织调查怜奈病房的事情，没有成功稍感安心，但GIN，Vodka等人已经察觉Kir（怜奈）就在杯户中央医院一事。GIN为了营救出Kir，而在制订着下一步计划…。
498 红与黑的碰撞 搅乱
医院附近相继发生突发集体食物中毒，奇怪气味引发的人员骚动，火灾等3件大事。之后，在医院的问讯处接到了给James的包裹。邮件委托人是已经自杀的组织同伙楠田，包裹内是一盆称作楼斗草的花。此后，卷入之前3起事件的伤者、病人蜂拥而至，接待大厅FBI无法进行例行搜查，不久便陷入混乱。其间，赤井发现花盆中被放置了炸弹…。
499 红与黑的碰撞 伪装
在装有杯户中央医院的患者们的慰问品中，发现大约有60枚炸弹也混了进来。搜查官们在收缴炸弹的时候发现电视上居然出现了穿着住院服的水无怜奈。搜查官们奔向怜奈的病房，但看到的却是躺在床上的怜奈。原来电视上的影像是利用以前的资料进行剪辑处理合成的。组织根据炸弹的中放入的发信器，锁定了怜奈的病房。察觉到这点的James决定采取最后的手段…。
500 红与黑的碰撞 遗言（此时已经FBI已经知道水无怜奈是CIA，具体情况...呵呵，momo也忘了）
FBI制定了使用3辆车子进行掩护，转移Kir（怜奈）的计划。GIN准确判断出Kir（怜奈）乘坐的是3号车。组织决定跟踪3号车。驾驶车辆的CAMEL打算甩掉跟踪，却突然遭到装炸弹的盒子的袭击，3号车随之撞上护栏停了下来。随后，怜奈从副驾驶位置上跳了下来。之后，基安蒂打算解决掉CAMEL的时候，突然3号车发生了爆炸…！？
502 红与黑的碰撞 洁白
柯南与元太、步美、光彦、阿笠博士，灰原等人一同前往新米花旅馆吃自助餐。途中，柯南向灰原讲述了之前的事情。到达后，看到高木刑警的巡逻车也开了过来。据说是旅馆发生了杀人事件。被害人是租住在旅馆39楼的以培养外国演员为主的经济公司的社长。秘书说看到社长的上半身被手枪数次击中的话，被柯南听到了…。
嫌疑犯是托比·凯恩斯，哈鲁·巴库那，FBI的CAMEL探员三人中的一人。随后，千叶刑警在屋顶的用具里雨衣、手套、手枪后，秘书伊莉娜也成了嫌疑犯中的一人。调查遗体后，柯南决定从似乎握着什么的右手着眼调查。随后发现桌子上的备忘录用纸和钢笔杆。而此时，GIN为了消除疑虑，向Kir传达了让赤井秀一从这个世界上消失的命令。
504 红与黑的碰撞 殉职
赤井和kir在来叶山路碰面了。此后，kir用手枪射穿了赤井的肺部。通过摄像机查看情况的GIN，向kir下达了继续行刺的命令。手捂腹部的kir用手枪向赤井的额头开了一枪。之后，由于巡逻车的出现，kir将赤井的遗体横放在了车上，并安置了定时炸弹后，乘车离去。随后，巡逻车在开到赤井的车附近的瞬间，炸弹爆炸了…。（momo哭~~~~）