自从浑河血战（三月十三日）之后，明军与后金双方便没有再爆发大规模的战役了，双方都在修整。就像两头巨兽都在舔舐着自己的伤口，等待时机。保存实力以便快速的恢复。然后给予对方致命一击。
但没有大规模战役爆发，并不代表辽东就是很平静的。小规模的武装冲突：遭遇战，斥候战，游击战以及在沦陷区汉民起义不断，辽东的局势虽然已经不再沸腾，但是却从未降温过。
连山关西接辽阳、东连瑷阳，是东北地区的一块军事要地，这九个月间大明与后金双方反复争夺，易手数次，战斗规模虽小，但却是十分激烈，最终十一月十五日再次被后金攻克，明军反攻无果后，只得暂时放弃。
自上次一战之后，辽沈、鞍山以海、耀、盖三州沦陷，后金迁都辽阳，而连山关作为首都东部的关隘，如果在敌（明）军手中实是如芒在背。
在整个辽东大地上，像连山关争夺战这样的小规模军事冲突时有发生，月月不断。明军在重新站住阵脚之后，开始依托残存的军事据点与城市进行游击战活动，甚至曾有小股明军一度在抚顺关附近进行骚扰活动，并且得到了当地汉民的广泛支持和与拥护，使后金军队忙于奔命，不堪其扰。
随着大明朝廷源源不断的银饷、武器装备以及人口兵源的支持，辽东参军已经重新站稳了脚跟，并且修筑了更多的军事堡垒，重新建立了防线，准备着反攻。
而后金也在尽力的消化着它的战利品，残酷镇压汉民。努尔哈赤自吹自擂“恩养尼堪（汉人）”却大杀辽民。
后金的实质是一个种族歧视（反汉）的奴隶制反人类匪帮。它的国家行政机构很不健全，军政机构合一，旗政职能难分（和野蛮部落一样，平时为民战时为兵）。这也使得它的行政管理能力十分有限。
在最初的一段时间，努尔哈赤还是还搞了一套“计丁授田”的表面功夫，以求安稳人心。但不久之后，他连伪装都懒得装下去了。他在十月初三的“汗谕”中，命“小人”全部编隶拖克索（庄）。自此，沦陷区的汉民从自耕民彻底沦为“庄丁”（农奴），农奴制庄园恶性扩展，遍布整个东北，这是历史严重的倒车，野蛮对文明的征服。
在这种奴隶制体制下，满人奴役汉人，汉族男丁承担了全部重体力劳动，与牛马无异，汉族妇女则成了他们的奴婢，供其淫乐。
如此的不平等，加上缺衣少食。自然更加的刺激了汉人的反抗。许多汉人故意在食物和饮水中投毒，焚烧房舍，还杀死了当地的后金的哨卒。
于是努尔哈赤下达了令人震惊的屠杀仇金汉民的命令。他指责汉民“窝藏奸细，接受札付，叛逃不绝”，历数川城，耀州、彰义站、鞍山、海州、金州等地汉民武装反抗事例，命令八旗“区别”汉民，凡系抗金者，一律处死。各将遵令，“分路去，逢村堡，即下马斩杀”。
复州紧临明军的实控区，当地汉民帮助明军运送情报，掩护他们进行游击战。于是努尔哈赤派数位贝勒，率兵两万，前往镇压，将男人全部杀光，带回大量女子、牲畜。“时奴贼既得辽阳，辽东八站军民不乐从胡者，多至江边……其后，贼大至，义民不肯剃头者，皆投鸭水（鸭绿江）以死。”
努尔哈赤对汉人的反抗毫无反思，他的应对措施是进一步种族歧视、种族清洗。
窃据沈阳后，满汉人户便被指定居住在按种族划分的区域内。除此之外，努尔哈赤还规定汉人不得持兵器；而女真人则无论是不是八旗兵丁，都要随身携带兵器。
明朝的读书人还是学华夷之辩的，远比满清的要有骨气，再加上他们本身就在当地有着一定的号召力和经济实力，所以很多汉民起义也都是由当地的读书人所带头。后金采取严厉措施，命令满族官吏进行彻底调查，清洗各村带头闹事的秀才，对不愿为后金效命的知识分子展开了无差别的大屠杀，并且将各地私塾及原先明朝政府所建立的正规学校全部关闭。
使得整个辽东的文化、科技水平产生了巨大的倒退。
在后金邪恶、野蛮的统治之下，辽东的生产受到了严重的破坏。这个曾经是“田人富谷，泽人富鲜，山人富材，海人富货”，“家给人足，都鄙廪庾皆满，货贿羡斥”的富饶地区，竟弄得人丁锐减，田园荒芜，庐舍残破，百业凋敝，社会混乱，民不甯居，饥荒频仍。
沦陷区内，努尔哈赤对汉人实施系统性的种族灭绝和民族压迫，稍有反抗，便大肆屠杀。在原先的历史中，入关之前，仅仅是有文字记载的满清屠杀辽东汉民人数就有五百多万，使得东北在长达近200年的时间中几乎是无人区。
这样的反人类罪行，即使是日寇也不能与之相提并论。
就在这样残酷的的情形下，辽东人民开始了他们南望王师的第一年。