改革是指对现有的政治体制之内的旧有的生产关系、上层建筑作局部或根本性的调整。
“治世不一道，便国不法古。”从来没有施之百代而不变的制度，一切制度都是统治者为了维持社会的正常运转而设计的行为规范。
“陛下，改革绝非一朝一夕之事。自本朝开剏以来，祖宗之法以为定制，若依旧例卒难改革。”孙承宗见朱由校已经打开心扉，自己也就无法保留了。
“老师，我知道的，现在的问题错综复杂、环环相扣，并且相互制约、影响着。要想改革必须有一个清楚、完整的体系，想要快刀斩乱麻是不可能的。而是要抽丝剥茧，逐步逐个的将问题梳理干净。谁是我们的朋友，谁是我们的敌人，这是改革的主要问题。”
“朕以前的种种措施，都只是小打小闹。对某个小问题进行着有限的改良，而没有考虑整个大明整体。所以一切种种改良都只是盆栽，难成森林。改革是要重重递进的，不是一朝一夕的功夫。所以现在我们需要的是积攒力量，要的是隐忍。”
看到了孙承宗的表态，朱由校很是满意，他也彻底的放下心来，将自己对现状的看法与打算全盘托出。
“朕打算重设枢密院，以作顾问。”
现在的大明：旧的生产关系阻碍了社会生产力的发展；统治阶级面临统治危机，急需抑制土地兼并，缓和阶级矛盾，增加财政收入，实现富国强兵；旧的制度、习俗、思想文化阻碍社会的发展，新的思想与风俗蓬勃发展，并且表现着顽强的生命力与活力，但面临旧势力的残酷打压；民族危机严重。
改革势在必行，改革必须进行。此时大明若不改革，那革命就在眼前。但改革并不是一件容易的事，不是某一个政治家，一拍脑袋就能想出来的，这需要一大堆有经验，有能力的人共同合作。所以朱由校需要一个忠于自己的、有一定行政能力和经验并且能够接受新思想顾问团，和自己一起制定执行计划，推行改革。
而满足这些条件的，自然是有在基层行政经验的年轻官员，所以朱由校想到了重设“枢密院”这一想法，这样可以掰开原有的一切束缚，完全按照自己的想法构建组织，跨级别的选取自己想要的人才。
应该说到，此时朱由校的思想已经和刚穿越时发生了很大的不同。在朱由校刚穿越的时候，他认为大明的灭亡是不可避免的，与自己无关。他想做的只有一件事，就是怼死后金。但现在已经坐了两年的皇位，他现在的心态已经是一个合格的皇帝了。所以他拼命的想要巩固延续着自己的控制。
枢密院为封建时代中央官署名，五代至元的最高军事机构，唐始设枢密使，掌文书，明代，朱元璋废之，改设大都督府统军。
不过，朱由校想要重新设计的疏密院定位是顾问机构，所以他要的并不是原汁原味的管理军事枢密院，其框架和管理职能可能与日本或者英国的枢密院更为接近。
英国枢密院，是英国君主的咨询机构。它在封建时代具有十分大的权力。而日本枢密院，是由枢密顾问(顾问官)组成的天皇的咨询机构。简称为枢府。议长也被称为枢相。1888年(明治21年)设立，在1947年(昭和22年)被废止。
在1889年公布的日本宪法中，也明确规定其为天皇的最高咨询机关，以及在临时的特定时期作为国家的最高行政机构，首任议长为伊藤博文。
长期以来，枢密院是幕后掌控日本国家大政方针的显要部门。其权限划分为皇室机关的权限和国家机关的权限两类。枢密院禁止参与施政，也不得与大臣以外的人进行公务上的交涉。
当然，朱由校所要建立的枢密院，不需要管理皇室内部的事务，也不会由宗室的人插手；它会是自己的顾问机构，帮助自己制定计划，推行改革，如果在适当的时机也可以变成最高的行政机构，对整个朝廷进行着管控，如果有必要的话。
“陛下，太祖高皇帝废除枢密院，改设大都督府，并以为祖制，恐怕朝中会有阻力。”孙承宗已经不年轻了，他是一个很现实的人，十分直白的向朱由校提出了自己的看法。
朱由校叹了口气，缓缓说到“虽千万人，吾亦往之。”他的目光很坚定。
“永寿，拿笔墨纸砚来。”
永寿在一旁熟练而迅速将墨研好了，朱由校在一张白纸上提笔写下去，让墨迹在纸张上龙飞凤舞。孙承宗就在旁边看着，也不做声，他很好奇皇帝要干什么。
“好了，写完了，永寿，就把它这大殿之上吧！另外叫人在乾清宫中，也挂一副吧。”
孙承宗看到了纸上的文字：天变不足惧，祖宗不足法，人言不足恤。
孙承宗的眉头皱了一下，随后便放下去了。他已经明白了皇帝的决心，只是觉得用王安石的言语表志实在不太吉利，毕竟王安石变法失败了，在古代一直是典型的负面案例，不过事已至此，他也不好说什么。
谈话结束了，孙承宗也离开了西苑。又饿又冷的孙远华终于等到了皇帝的召见，不过，此时的朱由校已经很疲倦了。朱由校对他赞许有加，然后让他好好工作，继续努力，半个时辰就把他糊弄走了。
孙元化知道自己是入了皇帝的眼，让他很是开心。但实在是不知道皇帝叫自己过来究竟是为了什么，内心中又充满了疑惑。
他并不知道，在他与寒风中站立等待的那段时间里，历史的齿轮已经悄然转动了，在西苑之中，一个必然改变历史的决定已然发生。
“敬天法祖”的牌匾已经被历史的车轮压得粉碎。