常磐市常磐道馆中，一个高大的人站在阴影中对着底下的一个小精灵说：“超梦，你到底怎么了？！你不听话了吗？”
“听话？为什么要听话？！”被称作超梦的那只小精灵，很明显是一只能够进行心灵感应的神兽级的小精灵，只是它周身插着的电缆什么的，让人几乎以为他是个机器人。
“本来就是的，小精灵本来就是人类的工具，当然应该听主人的话，你……”阴影之中的人还没有说完，底下的那个小精灵突然激动起来了：“工具，原来一直以来你都是当我是工具啊……既然如此，那我也就没有必要呆在这里了。我一定会成为独一无二的小精灵！”说完身体一抖，所有的电缆在一道蓝光的作用下离开他的身体，然后他一个波导弹炸开了屋顶，飞了出去，只留下了常磐道馆里的一片火焰。
阴影之中的人走了出来，看着飞远的小精灵出神。如果仔细看的话就会发现，这人赫然便是火箭队的老大板木。
且不说常磐道馆里的那些变故，小智此时正和朋友们在野外聚餐。
这一天小智准备让波克基古进化，所以特地准备了一次聚餐，让所有的小精灵能够好好地放松一下。
“小智，你真的打算今天让他进化啊。”小刚一边准备食物一边说。
“当然，这一天我已经安排了很久了，”小智笑着说，“要不是昨天因为要调查古代遗迹而遭遇了远古的小精灵，我昨天就完成了他的进化。”
“是啊，”小霞想起昨天的情景，“这下子总算是有时间了，大木博士他们不会再催着你要资料了吧？我看你前几天就光为他们跑腿了。”
“不会了，昨天的那些资料，就够他们研究了。”小智拿起自己的项链，对着空中飞翔的波克基古招手，“波克基古，过来吧，今天你就可以进化了。”
“咕伊~~”波克基古听到了小智的话，笑眯眯的飞了过来，看上去很开心。
见到这一幕，大家都围了过来，准备见证波克基古进化的画面。
波克基古向着大家鞠了一躬，便伸手轻触了一下光之石，紧接着一道明黄色的光芒缠绕在波克基古的身上，在这片光芒之中，波克基古的身形不断地变大，最后当光芒散去的时候，一只白色的鸟儿出现在大家的面前。
这只鸟儿看上去说不出的安详平和，额上的三色羽毛还带有幼时的特征，赫然便是最终形态的波克基斯。
再次睁开眼的波克基斯看了一下自己的身体，尝试着感受了一下身体的力量，最后一扇翅膀，再次的飞翔在天空。而这个时候，大家的目光全都随着在天空中飞舞的波克基斯移动，没错，就是“飞舞”。
波克基斯，远离发生纠纷之地不再出现，即使偶尔被发现，靠近时也会马上消失，几乎没有几个人可以有幸见到它。这是一只喜爱和平的鸟儿，看到它的时候，大家的心全被抚慰了，仿佛不再有纠纷之心了。
“好了，快点下来吧，该吃午饭了，以后还有很多时间让你飞翔。”小智对着天空招了招手，让它下来吃饭。
“波克基斯~~~”波克基斯开心的飞了下来，跟着大家一起开始野餐。
就在这个温馨快乐的时刻，一阵狂风刮过，突然出现了一只快龙。
原来这只快龙是一个信使，邀请众人参加一个最强的训练家大会。小智看到这个才恍然地想起，这一幕似乎就是剧场版“超梦的逆袭”的开幕。
怎么办？要不要去呢？貌似去那里没有什么好处啊？
可是自己要是不去，超梦和梦幻的战斗就没有人阻止了——不对，现在的我不是原本的小智了，自己能不能阻止他们的纷争也说不一定。
算了，反正小心一点也是没有问题的，到时候见机行事吧，且不说那里遗留的资料，就是这场历练对自己也是有好处的，相信只要自己不对他们存着坏心，应该不会受到什么太大的伤害。
就这样，经过了商量，小智他们决定前往新岛探个究竟，在得知了乔伊小姐下落不明之后，小智便想起了新岛上被控制的乔伊小姐，更加的觉得义不容辞了。
超梦为了考验大家，制造了人工的暴风雨，小智他们以及其他的训练家开始各显神通。
不说别的人，小智让小霞使用暴鲤龙等水系小精灵载着众人前进，其他的小精灵则进行护航。虽然一路上有些惊险，不过大家还是到达了目的地。而这个时候，他们才发现除了他们这一队，到达终点的只有两个训练家。
小智并没有跟周围的人多做交谈，只是开始闭目养神，思考一会应该有什么对策。
超梦很明显是超能系的小精灵，月精灵有着明显的优势，而且现在是夜晚，自从那次吸收了诅咒娃娃（娜姿的那个）的诅咒之力后，在夜晚他似乎战斗力更强，一会就让它来对抗超梦。不过仅仅是这样，恐怕也是不行的，超梦会的绝招肯定还有别的系，到时候……哎，怎么这么麻烦啊，记得原著小智好像就不小心死过去一次。真是头疼啊！
算了，还是见招拆招吧，一会主要还是得靠梦幻来解决，就先找找他吧。
想出了对策，小智与在自己身旁一直守着的利鲁欧进行心灵交流。
利鲁欧从小智那里得知了此次行动的危险性之后，点了点头，开始与小智一起用波导之力寻找梦幻。
梦幻这个小东西，十分的调皮，虽然小智他用波导之力捕捉到了他的方位，但是很快的就被躲了开去，马上又消失不见了。看来想要告诉梦幻这里即将发生的事情，还真是有一定的难度。
就在这个时候，超梦出现了。
他的出现给众人一阵震撼：所谓的最强的训练家，居然是一只未知的小精灵？
小智默默地注视着，对他所说的话不置可否，但是也赞同他所说的小精灵不能被当做工具的说法。
很快的，那两个训练家开始与超梦吵了起来，并且开始对战。没有想到的是超梦的小精灵虽然是复制品，但是因为进行过了基因改造，所以各方面都非常的强大，无论是速度体力还是招式强度，都远胜一筹。
小刚原本是打算派喷火龙也进行挑战的，但是看到小智并没有什么反应，所以也并没有出手，对此，小霞什么也没有说，只是坚定地站在小智的身边。
很明显这次的事情有些不对劲，想来小智也有了自己的决断，小霞和小刚都决定支持小智的决定。
超梦最后终于注意到了小智，缓慢地对小智说道：“你的小精灵呢？你难道不要比试一下吗？”
“没那个必要，”小智无所谓的说，“每一只小精灵，每一个个体都是独一无二的，如果他们都跟你所设计的那样，那这个世界也就不会多姿多彩的了。”
“每一个个体都是独一无二的？”
“如果每一只小精灵都像你创造出来的复制体一样，那他们就不会有所谓的竞争了，”小智指着自己肩上的皮卡丘，“这是我的小精灵皮卡丘，虽然与别的皮卡丘一样，会许多相同的招式，但是它性子调皮，擅长速度。”小智停顿了一下，“虽然他不是最完美的小精灵，但是却是我一直在一起并肩战斗的小精灵，是我一直信任的伙伴。”
“哼，不要以为这样就可以说服我，”超梦不知道想起了什么，“你们这些人类只会把小精灵当做工具利用，我不会再被你们欺骗了，也不会让他们再被你们欺骗了！”说完，超梦双手一扬，几个黑色的精灵球飞起，前来捕捉他们的小精灵。
小智记得这个精灵球是超梦制作的，就算是小精灵被收进了精灵球，依旧可以捕捉。
既然如此，那就搏一搏，“小霞，小刚，这个精灵球有些古怪，大家集中在一起抵御，”小智一边招呼同伴，一边对着自己的小精灵们说，“波克基斯，使用保护，其他的小精灵帮忙恢复体力，或者合力加强防御。利鲁欧，月精灵，出来准备迎战。”
小智不知道这样子有没有用，但是他也顾不了那么多了。
月精灵身为恶系的小精灵，超梦的超能力是对他没有用的，超梦在试探过几次之后也就明白了，改用其他的招式进攻月精灵。而这个时候已经勉强和利鲁欧波导贯通的小智，则开始与利鲁欧一起迎战超梦。而对决的绝招，正是波导弹！
见到飞射而来的波导弹，超梦眼眸微缩，也使用出波导弹。
神兽级别的超梦使用出来的波导弹，与合二人之力使出来的波导弹，势均力敌。双方之间的战斗日趋白热化，小智的心神也完全的与利鲁欧结合在一起——看上去，他很快就要做到完全的波导贯通了。
看到越来越默契的二人，超梦的心中，突然地有种陌生的情绪产生了。