上一回说到皮卡丘和小智因为互相的沟通不够，而产生了误会，火箭队前来抢夺小精灵。就在这危急关头，悄悄离开特训的皮卡丘突然赶了过来。
火箭队这一次可以说是下了血本了。为了这个机器人的制作，他们花了很长的时间去打工，并且还讨论了几天几夜，将小智的所有小精灵属性全部考虑了进去，就是为了能够一网成擒，然后迅速离开。
可惜的是，他们的运气真的不好，偏偏有了一个漏网之鱼——皮卡丘居然单独离开了，这让他们的计划有了小小的波折。不过，好在他们对于小智的主力之一皮卡丘还是很了解的，专门制作了一个捕捉皮卡丘的强力防电捕捉装置，连材料都特别强化了，免得被皮卡丘的钢铁之尾破坏掉了。
可惜，火箭队考虑了许多许多，终究还是有了遗漏的地方。
皮卡丘本身的速度十分快，现在在电光一闪和高速移动两大绝招的加成之下，根本就难以捕捉到踪迹。尤其是现在，皮卡丘因为特训的原因，感应周围的能力大大提高，躲避能力达到了一个前所未有的高度，往往一个小腾挪之下，便躲开了装置的捕捉。
气急败坏的喵喵开始放炮，火箭队的小次郎和武藏也加入了战斗，指挥着各自的小精灵，围剿皮卡丘。
“皮卡丘，他们的机器人虽然厉害，但是没有人控制也动不了，你想办法让他们无法操纵。”一直比较冷静的小健，说出了自己的办法，皮卡丘听到之后迅速向着小次郎他们的控制室跑去，一个铁尾将它们的“摄像头”打坏了，让他们在机器人内部无法看到外面的景象。
“没错，现在不用顾及我们，一会君沙小姐就会过来了！”小霞知道现在大家只能靠皮卡丘了，赶紧带着被金属圈套住的小智远离战火。
小智从皮卡丘的到来之中反应了过来，赶紧思索起对策来。
这次火箭队有备而来，他们的机器人不好对付。不过，应该是有办法才对……对了，记得原著里面猫头夜鹰似乎出了个主意——
想到这里，小智利用波导通知利鲁欧，说出了自己的办法。然后，在皮卡丘继续吸引众人注意力的时候，被抓的小精灵在河马王的引导之下，分为了两组。一组使用火焰拳喷射火焰等带着高温的技能，另一组使用水系绝招和冰系绝招……在不懈的努力之下，小次郎他们的机器人内壁终于产生了裂痕，最后被大伙儿一起用绝招打爆了……
火箭队再次成为了流星，飞向了天空……
而其他的小精灵，则在吉利蛋的保护绝招之下安然无恙。等烟尘消散之后，都围在小智的身边，想办法帮小智解除限制。最后，小智便在皮卡丘的铁尾绝招之下，恢复了自由。看到皮卡丘终于回来的小智，松了一口气，一把紧紧抱住了皮卡丘，吓得用电过多有些控制不住力量的皮卡丘残余电流全部打在了小智身上，弄得他十分的狼狈，成为了大家的笑料。
就在这一天，经历了分离与重逢、战斗的小智一行人，精疲力尽的回到了小精灵中心，进入了香甜之梦。
明天，将会是一个新的开始。
小智自从这一次的经历之后，知道自己真的是太过于依赖于波导之力了。虽然波导之力帮助自己沟通小精灵，帮助自己调查位置或者看不到的东西，但同时也让自己不去主动了解关心小精灵了。在最初的时候，及身边只有利鲁欧，两个人又对话习惯了，所以根本没有注意到这一问题。而且其他的小精灵即使会有些不高兴，但是也没有多说什么，毕竟小智平时把他们都照顾得好好的，对他们也极为喜爱，只是不如利鲁欧、河马王那样更加了解而已。皮卡丘的这种现象，也只是因为他在所有的小精灵之中，更为敏感而已。
有时候，仅仅是对话是不能够完全了解一个人的，小精灵也是如此。
经历了这次的教训，小智深深地觉得，自己应该学会靠着自己的“心”，一点一点的去了解自己的同伴、战友，了解他们的心愿，了解他们的心情，即使是一些听上去千篇一律的叫声，也能够知道他们的意思。
虽然这不容易做到，但是他必须去做——这才是一个负责任的训练家，应该做的事情。
之后的这几天里，小智没有再急于训练小精灵们了。
他彻底的放松下来，每天只是完成一些例行的锻炼来维持状态，其他的时间，一点一点的跟自己的小精灵交流想法，有时候用肢体语言，有时候则是用自己的声调、表情来表达自己的情绪。
对于这个，皮卡丘等小精灵都一起加入进来，仿佛这是一个新奇的游戏。有时候他们互相沟通成功，手拉手的跳舞庆祝，有时候驴唇不对马嘴的，逗得互相哈哈大笑起来……
这些经历，小智都一一的告诉了渡，告诉了他自己的感悟以及自己的决定。对此，渡说小智做的不错，让他继续努力下去，争取能够跟自己的小精灵心身合一。
只不过，小智总觉得最近渡似乎变得有点闲闲的。因为一般来说，渡很少回信——毕竟他的工作很忙碌，有时候他看到信件的时候，时间已经过了许久了，信件上谈论的话题已经告一段落了，也就没必要再说了。可是现在，经常是小智刚发过了信件，第二天就有了答复，而且信件中的语气似乎也有所改变，只是小智懵懵懂懂的，搞不清楚，最后不了了之。（渡的追求之路，还很漫长啊！）
在与小精灵们的交流过程之中，小智知道了皮卡丘的打算，惊讶感动之余，也带着他一起训练波导之力，其他的几个小精灵一开始也有些兴趣，但是最后因为各种各样的原因，大部分都放弃了。比如说，美丽花在没有多少进展的时候退出了，觉得这些时间还不如研究组合技、华丽技巧，让自己变得更美丽……白海狮本身还是个孩子，加上体型也不是很方便，最后再坚持了几天之后便跑开玩水了……原因各种各样，有的让人哭笑不得。到最后，加入这项训练的就只有皮卡丘、波克基斯以及所有的格斗系小精灵。
时间过了许久，小智担心会拖沓行程，便再次踏上了旅途，只是没有想到的是在快要到达柚子岛的时候，在一座城市里正进行着一场选举。而市长的候选人，居然在小时候因为自己的妙蛙种子不肯进化，一时气愤将它丢弃了。从此以后这个妙蛙种子便生活在下水道之中，过着孤寂的生活，还被人们当成了不明生物。
小智对于原著情节已经记得不清了，但是在了解到了事情的来龙去脉之后，还是气愤不已，小霞小建也一致决定要好好的教训这个准市长。虽然这个过程之中，火箭队的出场为虎作伥，并且打自己小精灵的主意，小智他们还是很好的摆平了他们。
在忙碌混乱了一整天之后，小智决定在这个城市特训一天之后，便前往柚子岛，挑战这里的训练家。
这个道馆根据介绍，似乎是选择三种不同系别的小精灵，来进行三局两胜的3VS3的比赛。从这一点上来看，自己只需要决定好属性便可以了，只是一时之间，也不知道该选择哪几个成员比较好——毕竟这可是同属性的大碰撞决斗啊！
“皮卡丘自然是一定要上场的，毕竟他对招式的掌握可是最为全面的，目前来说，很难再有电气系的小精灵能够与之匹敌了，”小智托着下巴，认真的思考着，“美丽花还是算了——虽然招式组合练得不错，但是招式的威力，还有待提高。白海狮倒是可以试试，只不过陆地战法还要一番思量，嗯场地的制作要掌握，滑冰技术也是一项重要能力……”
“最后一个成员该选择谁呢？利鲁欧还是算了，最近训练的有点狠，麻烦事还不少，精神头没有原来好了，还是好好歇息吧……剩下的几个小精灵里面，似乎吉利蛋比较适合战斗，但是吉利蛋是普通系，对手的选择余地很大，恐怕有些不好办啊……”
经过了一个晚上的思考，小智最后决定，第三个成员选择河马王。虽然不知道对手会准备什么养的小精灵，但是河马王本身实力不错，只是平时担任的是军师，所以战斗经验不是很足，正好在此磨练磨练。
休息了一阵子的小智再次开始了道馆的挑战，前面的战斗，将会如何进行呢？小智又会有怎样的变化呢？
敬请期待下一话的柚子岛3VS3大决战。