登州兵乱，最终平定，被叛兵俘虏却不殉节的明守备宋光兰、分巡道王梅及相关的山东巡抚余大成等被执至京师镇抚司审问，严刑拷打，孙元化不知所踪，无法辩解，朝议将他定为祸乱之首，准备发海捕文书追缉，并收捕其家人。
正式处置没出，大明朝中还是有明白人，首辅周延儒请了徐光启过府议事。
两个都是大牛人，周延儒，字玉绳，号挹斋，明代宜兴人今宜兴宜城镇人。
万历四十一年1614年三月，会试高中第一，获会元。一月后参加殿试，又一举夺得一甲第一名，成为状元，时年21岁。连中二元，少年得志，走马京城，威风状元入翰林院为修撰。
此后一路升官，崇祯三年1630年二月、加太子太保，改文渊阁。同年六月，温体仁也入阁为相。九月，崇祯拜周延儒为首辅。
徐光启，字子先，号玄扈，天主教圣名保禄，汉族，上海县法华汇今上海市人，明代著名科学家、政治家。官至崇祯朝礼部尚书兼文渊阁大学士、内阁次辅。
徐光启毕生致力于数学、天文、历法、水利等方面的研究，勤奋著述，尤精晓农学，译有几何原本泰西水法农政全书等著书。同时他还是一位沟通化交流作出了重要贡献。
崇祯五年1632年，以礼部尚书兼东阁大学士，入参机务，为次辅。
按东南府颜常武的认为，这位徐大人是个那个年代的“科学家”，可惜颜常武没有能力将他收入囊中，就连孙元化，要不是出了惊天大乱，颜常武也弄不来孙元化毕竟，仕途才是那个年代里大陆的黄金职业。
幸运的周延儒非常的年轻才刚刚40岁就高居大明文臣之首，不过，他的额头堆出了川字形，两髺已经显白。
国势艰难，内忧外患
不要以为明朝的仕大夫都是傻子，周延儒非常清楚关外北虏的厉害，知道对方一旦得势，那大明将会不保
因此他还算积极支持明朝的主战派抵抗北虏，如孙元化就是他支持的对象之一，算得上是孙元化的举主，朝中多位大臣攻击孙元化，他哪还不知道对方是项庄舞剑，意在沛公
他对徐光启说道：“徐公，孙元化是你的弟子，那些人借机攻击你所行的西法，所图不善”
徐光启和孙元化都是小耶的信徒，明朝的仕大夫普遍看他们不顺眼，认定洋人是鬼，而徐孙两人“事鬼”，是异类，皇帝因他们有实干而重用他们，自然招致他们的嫉恨，有机会就要坑他们一把，以致于周延儒和徐光启不得不合议商量对策。
听闻首辅的话，那时徐光启已是垂垂老矣，看透了世情，冷哼道：“国势艰难至此，温长卿还不消停”
温长卿，乃与徐光启同列的内阁次辅温体仁，他为了登上首辅大位而不遗余力，大搞不团结，现在挑起党争，为的是借孙元化来个一打二，左攻周延儒右攻徐光启。
一切都是如此，有后台支持才有事情发生，温体仁支持了路振飞、余应桂、李梦辰等人对孙元化的弹劾，在朝堂上搅风搅雨，哪怕是首辅也不能压下此事。
徐光启问道：“首辅大人，圣意如何”
周延儒苦笑道：“圣上不易为也”
徐光启会意地点头，出了这档子事，皇帝也难，哪怕有周延儒说情，说孙元化立有汗马功劳，人才难得。皇帝也知道确实不错，但他为天下共主，得顾及万一同样的事情发生，个个地方官有样学样，不死守殉节的话，那还得了况且孙元化确实作死，给人攻破城池，作了俘虏，身为巡抚，比一个知府都不如莱州知府朱万成就识穿叛军不开城门，结局截然不同。
皇帝必须拿出态度来没有皇帝的赦免，孙元化看上去在劫难逃，徐光启不禁黯然
这种大是大非，谁都不好说话，周延儒为孙元化的辩白是虚弱无力的。
周延儒悄声地告诉了一件秘密
“登州总兵张可大与我相熟，秘密书信与我，说登州城破的当晚，孔有德、耿仲明、尚可喜和李九成皆被割了脑袋，之后孙元化不知所踪还有登州的西洋人火炮营也一起失踪，他认定是东南府所为，东南府在那里有一支一千人的火枪兵，是东南府主颜少爷在孙承宗那里得了书信派人投孙元化所为，他们当天上午强行出港离开，临行前有关孔有德那些人的下场言语”
官方公开的说法是孔有德、耿仲明、尚可喜和李九成慑于官军强大的压力而自相火并致死官军也想冒领此功劳，但得找到那些人的首级，被东南军割走了，官军无法自圆其说，说孙元化自行逃跑。张可大是个晓事的人，不想也不敢得罪东南府，将东南府摘清了，否则一旦出现东南府裹胁堂堂巡抚之事那就无法善了。
这则消息很秘密，徐光启现在才知道，他不由得悚然一惊
东南府竟然早早谋划如此
得周延儒说出真相，徐光启即时明白了东南府的目标，目标就是孙元化，目标就是西洋人火炮营，想来为的就是火炮制造
他肃然道：“这东南府能制巨舰，得孙元化和西洋人为他制造大炮，前阵子有广东布政使徐绍沆说东南府尾大不掉，首辅大人不作制约”
周延儒面有难色地道：“朝廷哪有银钱打造战舰且北虏强盛，我们的银子都花在了辽东无底洞里，东南府并不滋扰地方，我们只能听之任之了”
国势艰难，周延儒极力维持，一定程度上，粤督熊文灿能还在任上，是朝廷用来稳定东南府的，毕竟东南府颜大少的官职乃熊文灿的保举，对他有恩，简而言之，颜大少不能轻易进攻大陆，尤其是不能进犯两广，否则就是忘恩负义
徐光启回到他的府上，坐下就骂周延儒年纪轻轻，却是狡猾
周延儒想解决此事，为自己解套，但又不想过于深入，就来怂恿徐光启，而徐光启落入他套里。
他不得不出牌以救孙元化，派了心腹人手去崇文门的福建会馆找寻馆主通知朝廷欲对孙元化不利之事，那里肯定有东南府的细作。
然后他又派人去请了一个西洋人来，与他秘商此事，那人同样去福建会馆找馆主，由他们安排，去了天津，坐船前往东南府。
不消几天，事情就向着周延儒和徐光启所想方向行进，路振飞、余应桂、李梦辰虽在朝廷闹腾，但声势越来越弱，原因背后无人了而次辅温体仁则在府里大发脾气，却又无可奈何
东南府竟然派人上门，言谈中要他停止支持路某余某和李某，否则就要出首他从东南府受贿之事
某年某月某日，从东南府得到多少银子，账目清楚，一目了然。
再有他在家乡的走私生意，也将被东南军封锁，断他的财路
明朝的大官们道貌岸然，这边不同意皇帝加税，那边家乡人大行走私，不亦乐乎
“相爷，您是景德镇，我们是烂瓦缸，我们可是耐碰哦”上门的福建会馆馆主陈启环干笑道，这家伙就是东南情报局的特务，知道孙元化对于东南府的重要性，他当然得出面保护孙元化。
东南府强盛，让周延儒当作没看见，而温体仁恼火不已，不得不放弃这个良机，他知道这帮家伙绝非善人，惹上他们，他们敢放你家里扔炸弹
孙元化之事只说他被叛军裹胁而走，无人再提，他的家人也没受打揽，消息传到孙元化耳中，十分欣慰，向颜大少表示感谢，同时，孙元化向颜大少引荐一人，就是被徐光启请去东南府的那位洋人，同样是颜大少很感兴趣的人。
汤若望