无论是高级班还是中级班的军官们的学习时间都是一个月，结业之后，他们带着使命回到了军队中，立即主持了轰轰烈烈的军队改造。
军队在那个月里一直训练，没有改变，不过饷银是发足的。
等到老长官回来，他们在兵部、总参人员的协助下，对官兵们进行甄别挑选，择其能战者、强壮者留下，为“新明军”的一部分，列为正兵，乃是正规军、野战军。
淘汰下来的官兵进行分流，一部分成为各地驻防的机动乡兵，叫做“团结兵”这样有喜感的名称。
为什么要用“团结兵”
没别的，因为老大颜常武喜欢这个名字
其余的确实不合适当兵的，则解甲归田，朝廷出资遣散。
比起以前要好，以前的朝廷要不没有钱，要不有钱也被各级官员克扣，但现在不同，朝廷兵部对于军饷非常重视，确保每一个官兵都能够拿足他们的收入。
所有正兵平均加百分之五十工资
团结兵加百分之十至二十工资
离开军队的官兵得到充足的遣散金。
饷银发足，没有谁与钱过不去，如此军队分流改造这么一件大事就轻易的被完成了，没有激起多大的反弹。
颜常武擒贼先擒王的措施起到了很大的作用，各部总兵、参将都认同他的管治，各部老大尚且如此，其他的人无话可说。
部队的变化很大
东南府的作战军官、政治军官进入各支部队中，按东南府的训练大纲，因地制宜进行训练，
经过整编，在南直隶、江西、湖广、浙江、福建、广东、广西均设立了新军，其中南直隶驻扎了高杰、刘泽清共六万人，江西有刘良佐三万人，湖广有黄得功的三万人，至于浙江、福建、广东、广西则均有三万人，加上南京亦有二万人，总共新军达二十万人，团结兵有六万人，加上各支独立军，合计兵力达到了三十万人。
这些军队，全部被东南府所控制，军制如东南府，训练亦如东南府，吃得也是东南府的伙食。
饷银充足，训练充分，挂的是领袖的大幅戎像，军中只知领袖，不知道明帝。
有了他们的支持，加上颜常武自带的东南军十数万，颜常武遂能够大展拳脚。
他下达国公旨令，分别委派了越其杰马士英妹夫为江西布政使、袁枢袁可立之子为湖广布政使，为三地最高地方指挥连发，陈潜夫一代名士为浙江布政使，此三人，都是他所开设的东南府政治学院南京分校的佼佼者，已对他效忠
军队开学习班，官吏亦开学习班，颜常武在学习班里灌输他的治政理念：忠君就是听他的话、发展经济、民生三大方面，主要是讲社会河蟹。
一些官员觉得很难适应，纷纷退群，但亦有一些官员应时而起，越其杰、袁枢、陈潜夫认同他的理念，自然得到了重用。
不过，他这一套在南明官员中争执很大，官员们普遍认为这是对自古以来朝廷牧民的一个巨大的倾覆
“君君臣臣父父子子，三纲五常不容倾覆”内阁中，礼部尚书王铎反对道。
“我们并没有倾覆这一套制度，主要是对民众要好一点，让他们能够活下去，为我们提供兵员和纳税粮”首辅孙承宗说得明白道。
姚明恭亦道：“孟子曰君为轻，民为重，我们虽不致于如此地步，但要让百姓得到好处，是为正理”
阁员马士英谄事颜常武，说得粗俗地道：“我们吃肉，百姓喝汤，大家利益均沾”
对于发展经济，南明官僚普遍有抵触，认为官就管民，哪管得了他们家里吃肉吃饭
要不是东林党的例子在前，只怕他们早就要跪阙犯颜直谏了
他们的不合作在所难免，这不要紧，颜常武进宫去见永明帝朱由产。
南京明宫
南京紫禁城，乃朱重八在南京建造的皇宫，建造前后历时二十余年，占地面积达百万平方米，面积之大，胜过北京明宫
南京故宫始建于元至正廿六年1366年，明洪武廿五年1392年基本完工，其址选于元集庆城外东北处，迁三山填燕雀湖而建。明故宫为明初三朝皇宫，长达54年之久。直到明永乐十九年1421年，明成祖朱棣迁都北京，南京设立南直隶，仍由皇族和重臣驻守，地位十分重要。
南京故宫坐北向南，有门四座，南为午门，东为东华门，西为西华门，北为玄武门。入午门为奉天门，内为正殿奉天殿，殿前左右为文楼，武楼。后为华盖殿，谨身殿。内廷有乾清宫和坤宁宫，以及东西六宫。
朱棣北迁后，此后数百年间，南京故宫鲜有修葺，风吹雨打，自然损坏严重。
明朝正统十四年1449年，夏六月天降雷雨，谨身、华盖等殿被雷电击中起火。
明朝成化二十一年5年，五月，“南京大风拔太庙树，摧大祀殿及皇城各门兽吻”。
明朝嘉靖元年1522年，“秋七月，暴风雨，江溢，郊社陵寝宫阙城垣皆坏”。
颜常武带着卫队进宫，这是他的特权，所以一些老封建痛恨他身为权臣的飞扬跋扈。
他不想这么高调，但更不想象何进、韩信这些人被宫里人炮制，死于非命，所以保命要紧，别人怎么看是能咬我咩
一路可见维修工人和物资车辆进进出出，正在忙碌于修葺。
乾清宫则已经修好，但脚手架还没拆光光，带有阵阵石灰气味，颜常武求见，很快被允许进内。
他的卫队摆在乾清宫之外，列出战阵，纹丝不动
此地乃是大明宫廷的腹心之处，皇帝真要对权臣不利，也不敢在此动手，甚至还要保权臣平安，否则君臣相争之事传出去就是骇人听闻。
“见过陛下”颜常武很恭敬地下跪行礼。
不冲别的，永明帝是他的岳父，也都值得。
“罢了”永明帝朱由产挥挥手道，颜常武就站了起来。
朱由产气色很好，他虽然是个傀儡皇帝，但他心态摆得正，知道这个位置本不应轮到他来坐的，如今能够坐上去全赖他面前的这位“贤婿”。
且他没有那种雄视天下之心和管治天下之才，所以他几乎不理事，有事情报来尽说：“甚好，找东南公决定”
直将明朝的那些忠臣们气炸了，背地里骂他烂泥不上墙，不是朱家的子孙。
因他这样态度，颜常武对他执礼甚恭，孝敬丰厚，敢不敬皇帝者必严惩，因此朱由产日子过得舒心。
“东南公来见朕，可有事”朱由产问道。
“启奏陛下，凡新朝建立，必开恩科，以揽天下英才，为我朝所用”颜常武奏上道。
“准奏”朱由产同意道。