就在简一行人在哥伦比亚与莱茵生命纠缠时，维多利亚发生了变动。小邱郡被深池占领，深池的代理执行人、先罗德岛干员苇草在“起义”过程中受伤，被同样受伤的罗德岛干员outcast、威尔与碎纸机送回罗德岛接受治疗，同样来到罗德岛的，还有简妮和风笛。
由于在维多利亚的罗德岛势力以及在小邱郡活动的格里芬人形（韦伯利、李·恩菲尔德、维尔德Mkll）的影响下，深池的扩张有所减弱，这让维多利亚官方调集了军队前往小邱郡。
同时，罗德岛前往维多利亚的事被聂政王特雷西斯知道了。鉴于罗德岛前往维多利亚具有一定的政治目的，特雷西斯决定亲自清理这些残党。
罗德岛干员返回罗德岛后，凯尔希下令暂缓前往维多利亚，罗德岛开始进行全面的战术训练，同时等待在哥伦比亚的简回来。
由于之前的突袭失败，以九为代表的整合运动成员在乌萨斯境内开始了新一轮规划，包括但不限于假装加入罗德岛。
同一时间，乌萨斯再次与东国发生战争，不过这次乌萨斯是以支持东国北部的身份加入的。为了防止乌萨斯对东国的干预，炎国派兵入驻东国南部，炎和乌萨斯之间的气氛变得紧张。
根据炎国皇帝的命令，在龙门的魏延吾开始着手龙门的防御措施，同时魏延吾颁布感染者可以成为龙门自卫军的命令，吸收了大量流浪但有一定实力的感染者们。
由于凯尔希曾与乌萨斯有所联系，罗德岛与龙门交好，乌萨斯着手暗中打压罗德岛，明面上想要收纳罗德岛。而龙门则拿出合同并用炎国来警示罗德岛决定好自己的站位。
黑钢国际要求驻罗德岛干员返回黑钢国际，以防自己卷入政治斗争中。格里芬则表示会支持罗德岛的一切行为，并且表示自己的立场与罗德岛绑定。
为此，阿米娅在凯尔希的帮助下在国际报纸上发表声明：罗德岛不会参与任何一个政治斗争。
特雷西斯知道后，一边着手特蕾西娅的复活，一边抨击罗德岛。
随后，在哥伦比亚爆出罗德岛博士简在整合运动的攻势下失踪，塔露拉放火烧了莱茵生命研究所的事情。
不久，哥伦比亚的整合运动遭到各界追杀，原因不明。哥伦比亚的整合运动在塔露拉、霜星、M16的努力下保住了整合运动。
收到消息后，在乌萨斯的整合运动开始行动，前往哥伦比亚。
罗德岛收到消息后，让前整合运动成员，现罗德岛干员的博卓卡斯替去接纳整合运动成员，并在此强调：罗德岛为感染者而战。
乌萨斯官方对博卓卡斯替有所顾忌，为此派人前往罗德岛要求将博卓卡斯替送回乌萨斯，因为“那是他的家”。
凯尔希出面拒绝乌萨斯，理由是博卓卡斯替现在是罗德岛的病人，罗德岛有义务治好它。同时对外发布罗德岛最新研究成果，使罗德岛得到了部分富豪的支持。
就在乌萨斯与炎，罗德岛与特雷西斯对峙时，拉特兰开始大肆对外宣传本国的教义，哥伦比亚表示不参与斗争但参与武器的售卖。
10天后，维多利亚官方发布已镇压深池，随后被各界媒体爆出深池依旧在影响维多利亚内部的塔拉人，并没有像维多利亚官方那样说的那样。
罗德岛和艾莫号在塔露拉等人返回罗德岛后启程，同时格琳娜“被曝光”通过出售肉体来成立公司。
随后，该媒体被神秘人举报污蔑和反动，被当地官方端了。
3天后，特雷西斯完成“复活”特蕾西娅，同时大力搜寻简的下落。
根据ACE、塔露拉的情报，罗德岛知道了简的计划，并准备进入维多利亚的小邱郡。
同时，艾莫号与罗德岛分开，前往简的所在地。
一周后，罗德岛抵达小邱郡，此时小邱郡已经完全成为深池的地盘。而艾莫号在2天前与简和M16汇合。
据罗德岛干员W的要求，W也在艾莫号上。
罗德岛抵达小邱郡后，特雷西斯派遣刺客去刺杀阿米娅，但都失败了。此时简带着W等人秘密潜入维多利亚，并通过UMP40的欧伽斯系统与罗德岛保持通讯。
罗德岛派遣风笛、琴柳、赫拉格、博卓卡斯替已经史尔特尔五人作为先遣部队进入小邱郡内部，为后方人员的进入做准备。
特雷西斯知道后，下定决心暗中与深池真正领导者勾结，并派出“复活”的特蕾西娅单独与罗德岛战斗，自己则备好军队。
深池首领答应了特雷西斯的要求，并停止扩张，向后撤。因此特雷西斯深得维多利亚个派人士的信任，他在维多利亚的话语权加重。
简了解信息后，将情报穿达给凯尔希。凯尔希犹豫许久后才决定要杀死“复活”的特蕾西娅，好在简表示他有特别的方法来“化敌为友”，活捉即可。
W知道情报后试图独自前往特雷西斯的住处，却被M16发现并拦住。在简的言语下，W表示只要能让她手刃特雷西斯，她基本上可以做任何事。
“复活”的特蕾西娅在特雷西斯的意识下出面，并宣扬了特雷西斯的好，使部分在维多利亚的特蕾西娅拥护者加入特雷西斯的阵营。
同时，九等整合运动的人在遇见塔露拉。塔露拉表示可以与九一起去乌萨斯，并换上军装。
凯尔希对塔露拉的离开没有做评价，只是将罗德岛内部反对的声音压了下去，并保证这不是坏事。
同时，前罗德岛干员现整合运动成员guard被发现，在A6、A4的“护送”下被送到艾莫号所在处。艾莫号派出闪电小队带着guard前往简所在地，艾莫号重新与罗德岛汇合。
不久，深池以及赏金猎人针对罗德岛干员进行了多次袭击，造成罗德岛伤亡1人（上厕所时被踢到生殖器官了）。
博卓卡斯替等人在小邱郡已经站稳脚跟，罗德岛的部分设备被运到博卓卡斯替所在地。
塔露拉回到乌萨斯后，接受了“审讯”，并再次带领整合运动。
1天后，整合运动趁着乌萨斯和炎在东国“打仗”来进攻乌萨斯中部城市，并成功抢下一座城市。
乌萨斯皇帝知道后十分惊讶和生气，派出皇帝的利刃去压制整合运动。炎的皇帝则是很高兴，派出部队在暗中支持整合运动，而且乌萨斯在东国的实力也被进一步侵蚀。
乌萨斯着手反攻，但炎的不对依靠地形拖了15天才撤退，此时东国南部基本胜利。
此外，炎的皇帝履行了魏延吾的委托——帮助罗德岛。炎的小部队前往维多利亚。而哥伦比亚大发战争财。
罗德岛被深池和特雷西斯的人拖住，难以进入维多利亚内部。但简一行人已经在维多利亚租了一个房子，着手瓦解特雷西斯的势力。
特雷西斯害怕自己的部队被牵制，于是叫在卡兹戴尔的部队做好准备。
特雷西斯在维多利亚和卡兹戴尔的势力强大，难以瓦解。而罗德岛明面上是一个医疗组织，不可能就这样将特雷西斯击败，于是简开始规划将“复活”的特蕾西娅抢到手。
为了避免简藏在维多利亚内部，特雷西斯以“搜查深池成员”的名义对深池进行包庇，加强了对简的搜索。导致W无法外出，简只能卸下自己的伪装。
乌萨斯内的整合运动很快就被镇压了，其中有一部分原因是塔露拉无意战斗，一直撤退。等到乌萨斯抢回城市时，塔露拉发现科西切卷土重来了——在她的脑海中。
塔露拉将这件事告诉了九、凯尔希和简。为了不在发生之前的情况，塔露拉暗中回到罗德岛，再次进入禁闭室。
科西切利用他的源石技艺强制占据了塔露拉的身体，此时能够科西切交流但他暂时无法行动，毕竟塔露拉在抵抗。
同时，深池干部曼德拉等人来到简等人的居住地的附近。
对特雷西斯不满的政权暗中帮助罗德岛，以打压特雷西斯。维多利亚内部看特雷西斯不爽的成员开始暗中给予罗德岛部分特权，并与凯尔希达成交易。
格里芬与黑钢达成协议，原本在罗德岛的黑钢成员不必返回，格里芬与黑钢进行学术交流，并且两家公司划分好了承包区域。
莱茵生命在此之前发布对罗德岛表示支持的文章，导致罗德岛在哥伦比亚贫民们之间的声望减少。
哥伦比亚大发战争财后，发现自己内部被拉特兰侵蚀——开始信仰拉特兰的宗教。并且对拉特兰发表谴责。拉特兰对此态度是：他们的信仰是自由的，自由的哥伦比亚不应该约束他们。
远离大陆的南极，莱茵生命成员麦哲伦遇到一支具备高科技的部队——南联的部队。