一个正在下着暴雨的荒郊外，无数的雨水砸在了一堆废铁之上。这里是机械之城用于堆放废弃机械的地方。此时一个人工智能在自己的最后一刻不断的进行着计算。计算着自己距离完全熄灭还有多长时间。就在自己计算的时候，一个披着灰色斗篷的人站在自己的身前。人工智能正在观察着前面站着的人的身份，却发现无法与自己获得的知识对应上。那人看了一会儿人工智能后说道“你想要投身与伟大的事业中吗”？人工智能想了一会儿，那人又问“你想要投身于伟大的事业中吗？即使搭上自己这条性命”？人工智能想了一下，随后给出了肯定的回答。那人随后将手掌放在了人工智能的身上，随后说道“那么，你以后就叫我教宗吧”。
明亮的办公室内，萨洛梅坐在沙发上把玩着一颗螺丝，沙发的对面坐着满脸愤怒的道尔。“你该说这一切都是怎么回事了吧？”道尔对着萨洛梅大声说道。“怎么回事？你不都知道吗？我掌控了机械之城，代表帝国教会。把这里设成了帝国教会的兵器实验基地。”萨洛梅轻描淡写的说道。“你以前不是这样的。”道尔说道。“对，你以前也不是这样的。”萨洛梅放下螺丝对着道尔说道。“你以前每次到研究所跟马汀都是在一起研究如何让我进化的。每次成功时你都甩着一张臭脸说着我还可以更加完美。结果呢？那个院长说一句要把我销毁的时候你一个屁都放不出来。”萨洛梅开始讲起了从前的事，道尔想解释却无话可说。随后道尔岔开话题的对着萨洛梅说道“莱德怎么样了”？“好着呢。每次我去实验室的时候他都怕的要死。我都不知道有什么好怕的，我又不会杀了他。”萨洛梅对着道尔发了一通牢骚，随后萨洛梅对着道尔说道“为什么不告诉我马汀死了”？“我怕你接受不了。”道尔如此说道。“怕我接受不了？！我每次都被你强迫的做一些危险的工作时你不怕我接受不了！我在废弃堆里等着被销毁时你不怕我接受不了！现在你怕我接受不了了？！”萨洛梅歇斯底里的对着道尔吼道。随后萨洛梅冷静下来对着道尔说道“你想不到我会回来。当初你和马汀做的都是对的，我能理解你们。但是现在已经不一样了，帝国教会拥有着无与伦比的力量。教宗大人的理想不是平凡人可以理解的”。“所以，你到底想要什么？”道尔低着头，默默的问着萨洛梅。“我想要你们接受现在的一切。我现在所做的一切都是为了帝国教会，只有你们这些机械之城曾经的住民们安静下来，老老实实的接受现在的一切就行。”萨洛梅站起身来对着道尔如此说道。道尔听完之后笑着对萨洛梅说“那不可能，你代表帝国教会，我也代表机械之城曾经的科学家们。我们注定无法和谈”。“那我就杀了你。”萨洛梅听到道尔如此回答后冷酷的说道。“那随便你，我死了之后还有安莫仑。安莫仑死了之后还有默罗。你杀的死我，杀不死我们的信念。”道尔坚定的说道。萨洛梅示意门外的警卫将道尔关押起来，警卫带走道尔之后，萨洛梅坐在办公室的办公椅上呆呆看着天花板。
夜晚，中心大学的楼道内。墙壁左侧的通风管道被打开了，赛罗与泰罗两人从管道内跳了出来。几个小时之前，赛罗与泰罗和安莫仑讨论着如何营救道尔的计划。“没想到他们连暗黑普洛斯都制造了出来。”泰罗站在桌子的左侧说着。“但是我们目前见到的敌人都是等身大小的，还没遇到过巨型的敌人。”赛罗说道。“但是当务之急应该先去救道尔先生，敌人的事情等一下再说。”安莫仑拍了拍桌子说道。“如果不了解敌人的话，就算救了道尔又能怎么样？”赛罗反问道。见赛罗与安莫仑争执不下，泰罗提议自己与赛罗去看看敌人的动向顺便确认一下道尔的位置，可以的话看看能不能把道尔带回来。二人就这样抵达了中心大学的内部。“看来这里是没什么敌人的样子。”赛罗说道。“估计那群机械巴尔坦们还在外面搜寻我们的踪迹。”泰罗说完之后，附近传来了一阵脚步声。赛罗与泰罗警戒着看向脚步声传来的方向。等来者露面后，赛罗向对方问道“你就是安莫仑口中的莱德是吧”。“对，我是莱德。看来安莫仑跟你们都说了吧。”莱德如此说道。临行前，安莫仑将中心大学的内部图给了赛罗。虽然不满眼前这个男人，但是安莫仑此时也没有办法。只有眼前的这个男人有着能够营救道尔的能力。“这是中心大学的内部图。还有我和莱德联系过了，你们见到莱德之后跟着他就行了。”安莫仑说完之后转身要走，赛罗一句话拦住了安莫仑。“那个叫莱德的人长什么模样”？“又高又瘦，带着一副眼镜的大叔”。回复完之后，两伙人就此分别。回到现在，赛罗与泰罗跟着莱德走在中心大学的楼道里。赛罗不停的看着周围的房间，上面写着班级以及各种实验室的名字。泰罗则是与莱德了解了一下情况。“我们这是要去哪？”泰罗问道。“去萨洛梅那些机械造物的控制室。”莱德回复道。“这里都发生了什么”？莱德边走边回复泰罗的疑问“原来的这里是机械之城的研究学院，自从萨洛梅来了之后这里被改造成了兵器的试验场。很多原来的科研人员都极力反对这件事。但是萨洛梅带领的帝国教会实在强硬，将那些反对者们改造成了机械士兵。除了极少数人以外没人知道他们的秘密。之后每个月都会有一个穿着灰色斗篷的人来这里递传一些东西，每次都是一些帝国教会下达的任务。除了之前一次来的不是那个灰衣者，而是另一个人。那次的任务是缉拿异世界人的命令，与往常的任务不同。没办法，我们只好听从这种命令了”。“为什么其他人不反抗萨洛梅？”泰罗问道。“不是不反抗，是没有办法。之前反抗的人不是被送到下区就是被改造成那些叫机械巴尔坦的士兵。况且萨洛梅有着奇怪的能力，我们至今为止还没有找到关于他能力的情报。”莱德说完将赛罗与泰罗带到了一个房间前，房间的门上写着控制室。进去之后，一个控制仪器坐落着房间的深处。莱德解释说，这是能够控制机械之城所有机械的紧急按钮。因为萨洛梅无法破坏它，所以保存到了现在。莱德刚准备打开按钮的防护罩，突然房间内的灯被打开了。三人回头看去，发现萨洛梅站在门口。“几只老鼠进来的可真是时候啊。莱德，没想到平时见到我都发抖的男人此时居然有这种胆量。”萨洛梅缓缓的向着三人走去，赛罗与泰罗做好了战斗准备。只见萨洛梅突然从两人眼前消失，瞬间到了二人的背面准备刺杀莱德。赛罗反应过来之后一脚将莱德踢了出去。萨洛梅见赛罗反应过来之后将目标改为了赛罗与泰罗两人，泰罗见萨洛梅转移了目标，吩咐莱德赶紧去按按钮，自己与赛罗去拖住萨洛梅。莱德过了一会儿反应过来去按了按钮，而萨洛梅准备去阻止莱德，赛罗与泰罗冲到了萨洛梅身前挡住了萨洛梅。莱德那边，打开按钮的防护罩此时需要密码。莱德明白这个密码已经被萨洛梅重置了，而此时需要仔细想想到底是什么密码。莱德反复的思考，密码只有一种可能。莱德赌上了自己想的这个可能性，在密码锁上打上了一个名字。随后，防护罩被解开了。萨洛梅见莱德已经解开了防护罩的密码，准备冲上去去阻止莱德。不料，赛罗与泰罗一人抱住了他一条腿。片刻之间，莱德按下了停止机械之城全部机械运转的按钮。按下的同时，城内的机械巴尔坦，机械奥特兄弟巡，暗黑普洛斯以及萨洛梅本身都被停止住了。莱德与泰罗，赛罗见萨洛梅停止住了动作后联络了安莫仑准备前往上区来销毁这里的机械。三人讨论怎么处理萨洛梅时，萨洛梅却从后面消失了。
另一边，上区的实验基地内。一个巨大的机械体此时已经完成。萨洛梅此时来到了机械体前感叹道“那群家伙怎么也想不到，我早就将机械之城的系统断开跟这个教宗大人安排的兵器连在了一起。现在就是实验这台兵器的时候到了”。随后，无数的连接线连接到了萨洛梅的身上。此时的萨洛梅已经没有了人类的模样，只有自己原来的机械人的面目。连接完成之后，萨洛梅与这台巨型机械体融为一体。“出发吧，让我们把这里毁灭吧！古兰特王！”随后古兰特王破坏了实验基地，朝着下区的方向行进了。
下区，安莫仑得到了莱德的消息之后通知了抵抗军们前往上区去破坏那里的机械士兵们。随后，安莫仑去了仓库看了看道尔的作品。清晨的余晖透过仓库的缝隙照耀在那个巨型机械上，正当这时卡奥走了进来对着安莫仑问道“你在看这个，对吗”？“是的，这是道尔老师的杰作。不知怎么的，最开始我是最希望看到这件机械投入到实战当中的，现在我却希望它就这样站在这里最好。”安莫仑平淡的说着这些话，仿佛现在的一切对于他而言都是值得的。突然，一阵阵的震动打断了二人的交谈。安莫仑的联络器突然响出了道尔的声音。通过道尔的消息得知，泰罗一行人在解救道尔之后，城市里突然出现了古兰特王的身影。泰罗见状后变身前去与古兰特王交战，但情况焦灼。现在必须启动机械巨人了。安莫仑挂断道尔的通讯之后，让卡奥来连接一下机械的能源装置。连接完毕之后，安莫仑示意卡奥前去避难，自己留在这里为机械巨人做最后的调试。卡奥走后，安莫仑对着正在不断填充能源的机械巨人说道“看来是用到你的时候了，不过现在还没有合适的机师来驾驶你。那我就勉为其难的做你的第一任机师吧。对了，老叫你机械巨人也不好，得给你起个名字。嗯～～有了，就叫你詹伯A吧”。
另一边，泰罗此时气喘吁吁的与古兰特王进行了又一次的交锋。泰罗之前使用了无数次的光线技能却无法伤害古兰特王分毫，近战的攻击也无法奏效。虽然有着抵抗军在地面进行火力援助，但也是杯水车薪。“哈哈哈哈，泰罗，没想到你还能撑到现在。如果你早点放弃这座城市的话也不会有现在的下场。”萨洛梅借着古兰特王的身体对着泰罗说道。“放弃？我们奥特战士，无论是怎样的险境，无论是多么强大的敌人，我们都没有过要放弃应该被拯救的人们。纵使你用强权迫使这座城市的人屈服又怎样？你看着地上那些反抗你的人们，他们失败了多少次也会再度崛起，将你打到。就算我今天失败了，赛罗，卡奥，道尔，安莫仑。他们也会继续的跟你们战斗。”泰罗说完之后，准备对着古兰特王做最后一击。就在这时，天空中发射出两道翠绿色的光线。光线击中了古兰特王的头部，古兰特王后退几步后向着天空望去。一个红白色的机械人从空中降落，众人看到援军来到后显得格外兴奋。“没动起来还好，动起来怎么感觉和詹伯特这么像？”赛罗看着詹伯A如是说道。泰罗见詹伯A到来后起身站到了詹伯A的侧面，随后问到“安莫仑吗”？“是啊，没想到泰罗你还可以变的这么大。等打败眼前这个敌人后我可以以你为原型造一个机械人吗？”安莫仑如此说道。随后，泰罗拖着疲惫的身躯与詹伯A一起对战古兰特王。期间詹伯A恢复了泰罗的一部分能量，两人分别对着古兰特王的两侧进行攻击。古兰特王先是对着泰罗发射光线攻击，不料詹伯A在后方攻击古兰特王的头部。古兰特王将注意力转移到詹伯A身上时，泰罗发射箭形光线攻击古兰特王的腹部。古兰特王气急败坏的对峙着两人。“使出绝招结果它吧。”安莫仑驾驶着詹伯A对着泰罗说道。詹伯A从头部发射艾美兰鲁德光线，泰罗使出斯特利姆光线。两道光线同时射向古兰特王，古兰特王拼力抵抗着光线的威力，无奈二人的光线力度强大，将古兰特王粉碎。
第二天，下区的抵抗者们清理着机械士兵的残骸。泰罗，卡奥，赛罗三人也向道尔等人到了别。临走时，安莫仑驾驶着他们的房车来到他们面前说道“看在你们帮了这里这么大一个忙的份上，我给你们的车子加强了一下。要不然，以你们的旅行不知道在哪碰到恶魔就给一脚踩扁了”。“其实你早就弄好了吧？”赛罗问道，安莫仑笑了笑说了句“没忍住”就给他们三人到了别。三人踏上了消灭恶魔以及找到回去方法的路上了。
离机械之城三十多公里的郊外，残破不堪的萨洛梅此时拖着已经破损严重的身体一步步的走向前方的小镇上。“再有一点，再有一点就到了美菲拉斯的驻地了。只要到了他那里，一切都能重头再来！”萨洛梅此时自言自语道。突然，一个身影站在萨洛梅的面前。萨洛梅抬头一看，发现是托雷基亚。“托雷基亚？你在这里干什么？”萨洛梅问道。“没什么，教宗大人让我在这里迎接你而已。如果你不愿意的话我可以让美菲拉斯先生派人来接你走。”托雷基亚带着一股戏谑的滋味调侃着萨洛梅。“没什么，那走吧。”萨洛梅忍住了自己的冲动答应了托雷基亚。托雷基亚听到萨洛梅的回答之后瞬间用手掐住了萨洛梅的脖子将萨洛梅举了起来。“托雷基亚！你要干什么？！”萨洛梅没想到托雷基亚会有这样的举动。“要干什么？当然是完成你那伟大教宗的任务。既然你都要死了，就全告诉你吧，你那伟大的教宗不过是在利用你而已。他可不是你们想的那么伟大。他的目的我已经知道一些了。放心，我们好歹共事过一段时间。我会动手快些的。”托雷基亚说完之后发出一道暗蓝色的火焰，萨洛梅在火焰燃烧后的惊叫声中灰飞烟灭。托雷基亚掸了掸手上的灰之后对着远处说道“泰罗，没想到你已经打败了帝国教会的手下之一了。但是你还不了解这个世界到底是怎么一回事。希望你了解之后还能保持你光之使者的立场”。