杰西博士从研究所二楼跑到一楼，吩咐打扮成研究人员的火箭队拦截小新等人，然后坐电梯下到位于研究所下方的地下仓库。
杰西博士怎么也没想到小新谎话连篇，在他的手上居然还有一只飞天螳螂，要不是这样，小新和小真是绝对逃不出那个铁牢笼的。
可杰西博士还不知道的是，小新不仅有飞天螳螂，还有一只臭臭花，就算没有飞天螳螂，也能够让臭臭花使用溶解液将铁牢笼给破开。
不过这些都是后话了。
杰西博士放好从小真那里骗来，装有宝可梦精灵球的银色小箱子，然后将自己的宝可梦腰带别了上去，上面赫然还携带着多达六只的精灵球。
最后才给火箭队的老大再次打过去了电话，说道自己已经暴露，现在准备将研究所的宝可梦全部由系统一个个输送过去。
火箭队的老大——也就是坂木大怒，他辛苦培养了杰西博士已经浪费了许多资源，但也来不及找杰西博士算账了，马上就让杰西博士先把九尾送过去，因为这是价值更高的资金来源。
……
小新和小真在臭臭花的带领下，一路上所向披靡，随后又见几名研究人员装扮的火箭队成员，守在了电梯之前，这无疑是此地无银三百两，引导着小新和小真的前进。
“六尾！你也上吧！”
“噢唔~~”
小新也把六尾给放了出来，近距离的战斗，臭臭花散发恶臭时，可是会臭到自己人的，所以六尾和飞天螳螂联合，旋风刀再加上火花，组合成一道小型的火焰旋风将那些火箭队击败。
一行人马不停蹄的来到杰西博士所在的地下仓库，只见杰西博士已经把几只九尾以精灵球的形式，向坂本那边输送完毕。
“快住手！”小新连忙大喊。
“臭臭花！快上！”小真直接说道。
臭臭花认识小新四年了，对于小真也是不陌生，自然也是非常听从，便将恶臭从顶上的花瓣中向着杰西博士散发而出。
“你们竟然还有臭臭花！”
杰西博士大吃一惊，连忙拔下一只精灵球说道：“上吧大嘴蝠！快使用吹飞！”
大嘴蝠听从命令，将恶臭吹回，臭臭花不慌不忙，大嘴一张，就将臭气全部吸取回自己的体内。
小真没有见过大嘴蝠，便拿出了宝可梦图鉴查看，宝可梦图鉴说道：“大嘴蝠，蝙蝠宝可梦，由超音蝠进化而成……”
这是进化过后的宝可梦，实力自然不言而喻，小新和小真立马是如临大敌，而且毒加飞行的双属性，更是克制了臭臭花和飞天螳螂。
“你们这就怕了吗？”
杰西博士怪笑一声，然后又扯下了四个精灵球派了出去，喝道：“你们也出来吧！尼多后！尼多王！风速狗！隆隆石！”
至此，是五对三，杰西博士展现出来的强大实力让小新二人感到毫无胜算。
但是——小新掏出了墨镜！
“上吧！臭臭花！”
“呼啥！”
听得小新的指示和看见了墨镜，已经默契了四年的臭臭花，瞬间就明白了小新的意思。只是杰西博士却不以为然，大喝道：“真是不知死活！风速狗，使用喷射火……”
“阿尼亚！”
就在这时，臭臭花的身上忽然白光一闪，强烈的光芒照亮了地下仓库，一下子刺痛了敌我双方的目光，只有戴上了墨镜的小新，和发动闪光术的臭臭花不受影响。
“糟了！”
杰西博士连忙闭上眼睛，用手臂挡在眼前。小新则是趁机将已经打开的装有小真精灵球的银色箱子，给抢了回来，然后回到小真的身边。
“啊呐~~”
臭臭花一看完成任务，便收起了神通，小真从小新手中接过银色箱子，心中的大石总算是放了下来，随即将宝可梦全部放了出来助战。
“一起上吧！火狐狸！猴怪！飞天螳螂！伊布！巴大蝶和大针蜂！很抱歉将你们交给了坏人！以后我不会随便将你们交出去了！”小真愤然的说道。
在这一瞬间，风水轮流转。
刚才的杰西博士还是五对三的绝对优势，小新一对一也未免能打得过他，而现在五对九，小新这边的宝可梦就比杰西博士那边多了一倍的数量。
杰西博士立马说道：“大家都是宝可梦训练家，不如就让我们以训练家对战的方式来决胜负吧！”
小新和小真毕竟是十岁的孩子，也不是什么犹如火箭队般的坏人，一听杰西博士这样说，他们便理所当然的认同了。
“你先关闭输送系统！”小新说道。
杰西博士大势已去只好照做，看了一眼小新和小真的宝可梦，思索了一会后才说道：“这样吧，你们是小孩，我也不占你们的便宜！你们每人可同时出战一个宝可梦来与我对战！上吧隆隆石，看你的了。”
小新和小真一愣，居然还有这种好事？不过杰西博士确实是经验老到的前辈，既然他都这样要求了，小新和小真也就不客气了。
“去吧！臭臭花！”
“就你了！猴怪！
小新和小真一声令下，臭臭花和猴怪便朝着隆隆石冲了过去。可是杰西博士冷冷的一笑，抓准时机便让隆隆石发动了它最强的一击。
嘭的一声巨响——
隆隆石发动了自爆！
顿时是震耳欲聋、飞沙走石，臭臭花与猴怪直接被隆隆石给炸成了重伤，而那只隆隆石则已经是濒死的状态了，如果它没有得到救治，那么它就活不成了。
小新和小真根本没有想过这种事，就像杰西博士没有料到自己会失败一样。随即小新和小真分别将臭臭花与猴怪收回了大师球与精灵球之中。
“杰西博士又跑了！”小真率先看见对面已经没有了杰西博士的身形，只见在地上出现了一个被挖开的地洞，应该是尼多后和尼多王的杰作。
小新和小真连忙追了上去，但小新在这之前，还是心软的捡起了杰西博士所遗弃的隆隆石的精灵球，然后将隆隆石收了回去，暂时保管起来。
在地面上。
杰西博士听到在地洞里传来有人追来的声响，直接就让风速狗朝着地洞使出了一招喷射火焰。
小新和小真顿时不知所措，只有宝可梦们当机立断的使出了浑身解数——六尾和火狐狸使用了火花、飞天螳螂使用了旋风刀，顿时形成了一个比喷射火焰更加强大的火焰旋风，将喷射火焰给击溃。
强大的火焰旋风在地洞中涌出，顿时使杰西博士大惊失色，直接留下了尼多王和尼多后，让它们去阻挡小新和小真。
不过小新和小真的速度也不慢，很快的出了地面，但为了不让杰西博士逃跑，他们决定分头行动，让宝可梦数量少的小新，去对付尼多王和尼多后。
“小真你先去追吧！可别忘记我们可是立志要成为宝可梦大师！是惩奸除恶的急先锋！这一次，我们一定要将火箭队送到君莎小姐面前！”小新如此说道，带着六尾和飞天螳螂便拦下了尼多王和尼多后。
小真点了点头，向着杰西博士追去。
小新的目光再次打量着对面的尼多王和尼多后，心中估摸着它们的实力，应该已经超过了小刚馆主的大岩蛇了，不过此时它们并没有训练家在旁边，六尾和飞天螳螂应该可以一战。
尼多王和尼多后并不惧怕六尾的火花，但是在小新的指示下，六尾利用电光一闪的速度去扰乱它们，还是搞得它们憎厌其烦。
飞天螳螂趁机使用了旋风刀，同时攻击尼多王与尼多后，效果一般，但是也造成了可观的伤害。
尼多王和尼多后见近不了六尾和飞天螳螂的身，身上便发出了无数的毒刺攻击，虽然飞天螳螂有高速移动可以闪开，可是六尾就没有那么幸运了。
它受到了自身实力所不能承受的痛苦，就算它受了毒刺的攻击后没有中毒，以它这个小身板，也很难爬起身来了。