回到尼比市的时候，距离小新一行人离开真新镇已经有九天的时间了，将身为火箭队成员的杰西博士交给君莎小姐后，自然是免不了君莎小姐的又一番苦口婆心的说教。
“我说你们两个！”君莎小姐生气的说，“也未免太不乖了吧？三天前我就跟你们说过不要跟火箭队扯上事情了，没想到这次你们竟然把火箭队中的一个干部给抓了回来，竟然还是那个杰西博士……”
小新和小真讪笑着受教，他们本来也不想和火箭队扯上关系，这可不是歪打正着吗？
本来他们就打算离开的，是那杰西博士不让走啊，而且还拿走了着小真的精灵球，也不得不去追啊，追上了也不得不去抓了啊……
这还真是件没有办法的事情。
接着小新和小真又去了宝可梦中心，将受伤的宝可梦全部交给了乔伊小姐，尤其六尾、被冰冻光束击中的巴大蝶和使用了大爆炸的隆隆石最为严重。
“你们怎么可以让宝可梦们受到这么严重的伤！”乔伊小姐也生气的对小新他们说道，“看隆隆石这样的伤势应该是使用了大爆炸吧？你知不知道宝可梦可不是工具！使用大爆炸之类的技能，可是会让宝可梦与训练家之间的亲密度降低的！”
小新则是一脸的无辜，正常人怎么会使用大爆炸？这还不是火箭队的杰作吗？可乔伊小姐并没有给他们解释的机会，就将隆隆石和巴大蝶送到了急诊室。
在急诊室外的小新和小真，因为有了杰西研究所的经历后，就算是在宝可梦中心，他们也非常担心自己宝可梦的安危，焦急的守在那里。
之后又跟大木博士通上了电话，大木博士表示他已经听君莎小姐说过这件事了，就连他也没想到杰西博士竟然是火箭队的人。
许久过后，小新和小真从上午一直守到了夜晚，虽然宝可梦们已经没有大碍了，但是距离六尾和巴大蝶完全痊愈还要一个晚上的时间。
期间小新二人并没有出去找东西吃，而是吃着从便利商店里买来的面包和干粮，深夜之时，他们两就坐在椅子上靠着肩睡着了。
如此，一夜有梦，梦到宝可梦丢了。
到了次日，二人在睡梦中惊醒。
小真的脸一红，
小新则是着急的将宝可梦们放了出来确认一番，这才放心了下来，之后小新没有将臭臭花收回去了，因为它并没有用臭味影响到其他人。
“阿尼亚~~”
随后，臭臭花拍了拍小新的宝可梦图鉴，示意他将其拿出来，然后它点了一下关于自己的资料，宝可梦图鉴说道：“霸王花，由臭臭花进化而成的宝可梦，条件是用草之石……”
小新会意的点了点头，看来臭臭花并不想回大师球里面啊，而且进化成霸王花之后，就再也不会担心臭味会影响别人了，可是草之石会在哪呢？
最终，乔伊小姐面带笑容的将六尾、巴大蝶和隆隆石从急诊室里面推了出来，这是因为在昨天，她看到了小新和小真的担忧，这次才知道，原来他们并不是那种不顾宝可梦感受的训练家。
至于宝可梦们为什么会变成这样，乔伊小姐也不会再去追问了，只会欣喜的说道：“恭喜了，六尾和巴大蝶，还有这只隆隆石已经完全康复了。”
“六尾！”
“巴大蝶！”
“唔咿咿咿~~”
“卟哩哩哩~~”
小新二人各自与六尾和巴大蝶相拥在了一起，随后小新却是将六尾放了下来，然后对六尾说道：“好了六尾，很高兴我们一起打败了火箭队，但我并不是你的训练家，之前将你收进精灵球只是为了躲避火箭队的耳目……所以你现在已经自由了。”
“噢唔？”
六尾歪了歪头，然后走到小新的身边蹭了蹭，还不断的亲昵的咿咿的叫唤着，最后走到别在小新腰间的精灵球旁边，轻碰了一下就将自己收了回去。
看到这一幕的乔伊小姐开心的笑道：“啊啦，看来这只六尾很亲近你呢！竟然主动成为了你的宝可梦，这种情况可是不多见哦！”
小真碰了碰愣住的小新，满脸羡慕的说道：“哎呀哎呀，没想到六尾会这么喜欢你，要不是之前我已经有六只宝可梦了，可能六尾应该会跟我走呢！”
小新顿时是满脸欢喜，虽然在他的计划中是想要收服飞天螳螂、霹雳电球和拉普拉斯的，但这就不代表他不想收服别的宝可梦了，尤其是六尾这种萌萌哒宝可梦，他最喜欢了。
小新拿起装有六尾的精灵球，目光灼灼的情不自禁的说道：“六尾！很高兴你能喜欢我，在以后的日子里就请多多指教了！”
不过后来小新才发现，六尾虽然对他有好感，但更多的好感却是来自于别的原因，不过这都是后话了。
正当小新和小真打算离开宝可梦中心的时候，乔伊小姐却是着急的把他们给叫住了，指着那只无人认领的隆隆石便说道：“诶？你们不将隆隆石带走吗？难道你们不是它的训练家吗？”
小新和小真回头看了隆隆石一眼，小真没好气的撇嘴说道：“我们才不是它的训练家呢，这只是杰西博士的宝可梦，之前还炸伤了臭臭花和我的猴怪呢！”
“啊？原来是这样啊……”
乔伊小姐一愣，实际上杰西博士是火箭队干部的消息已经在这边传开了，便准备用精灵球把隆隆石给收回去，然后送到君莎小姐那边。
“隆隆！”
但是，隆隆石并不想回精灵球里，反而是从乔伊小姐的手上抢过精灵球，然后狠狠的扔在了地上，随后一个泰山压顶把那个精灵球给砸碎了。
这一举动使众人大吃一惊，乔伊小姐说道：“宝可梦只有想要脱离训练家的时候，才会做出损坏精灵球的行为！看来隆隆石已经对杰西博士感到失望了，现在它已经是无主的宝可梦了。”
“原来是这样！”小新二人恍然大悟。
在这时，隆隆石直径向着小新走了过来，在它濒死的时候，它分明看见了弃自己而去的杰西博士，也看见了将自己救了的小新。
“哼隆哼隆~~”隆隆石对小新使出了撒娇，表达了对其的亲近。
但是，小新可不喜欢隆隆石这种看起了就很粗犷的宝可梦啊，当即就是嫌弃的拉开了距离。只是那隆隆石很快又热情的追了上去，追着小新直到他愿意收服自己为止。
最终，小新败在了隆隆石的死缠烂打之下，还是将这只不要脸的隆隆石给收服了。
……
在尼比道馆里，小刚已经在那边等候多时了，只不过这一次的道馆挑战，小新和小真都非常顺利的取得胜利并得到了属于各自的灰色徽章。
小新和小真兴奋得像个十岁的孩子，看着已经成功挑战的道馆名单上，多了他们的名字后，更是激动得仿佛人生达到了巅峰。
不过很快，小新又发现了一件很不可思议的事情，那就是——“小智他怎么还没到尼比市啊？该不会是在常磐森林里迷路了吧？还是说他打不过小刚馆主已经回真新镇了？”
“啊呐~~”臭臭花说道。
“说的也是呢！小智他才没有这么弱！”小新点了点头，回想起那段和小智交流着对宝可梦的热爱的欢乐时光，便打起精神来继续出发。
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