墙壁的地图显示，这里共有9个大房间，呈九宫格分布，其分布情况如下。
人偶工厂|兵器工厂|灵魂实验室
试验间|中央大厅|仓库
医学实验室|原料库|机械实验室
现在飞星龙龙所在位置就在中下方的原料库，那对男女应该是这地下基地最底层的工人，负责搬运打杂。
这时，有脚步声从左侧医学实验室传来，飞星与龙龙赶紧四处寻找躲藏的地方。
飞星抬头一看，发现上面有个大通风口，不断从上方送下新鲜冰凉的空气。
两人延伸灵魂之手抓住天花，凭借矫健的身手，很快便无声无息地爬上天花钢制的通风道。
下方房间里，那对男女过来搬运尸体了，借助这里明亮的灯光，飞星终于看清他们的面目。两人外貌与常人无异，但他们胸口装有一个黑色三角装置，完全嵌入体内的那种。
这房间已经没有价值，飞星与龙龙小心翼翼地在狭窄的通风道爬行，他们的目标首先是医学实验室，他能感觉到6号病人就在那里。
爬到左下方医学实验室，两人通过通风口，看到下方有个白衣白发的中年医生正在捣鼓实验器材。而他旁边的医疗床上捆绑的正是6号病人。
6号病人逐渐苏醒，询问那白发医生道：“我在哪里？请问你是谁？干嘛捆绑住我。”
白发医生发出疯子一样的狂笑，回答道：“你可以叫我鬼医，我亲爱的小白鼠先生。你既然已经签了卖身契，医院把你卖给了我，那你就归我所有了。放心，我会好好对待你的，上次的小白鼠使用了不到三天就不行了，害得我被老大臭骂了一顿。”
随后，鬼医推出来一台带轮子的圆筒型神秘机械仪器。他将其上面的盖子打开，露出一个与人脑一样大小和模样的蓝色灵魂大脑。一根粗壮的灵魂之线一端从下方连接灵魂大脑，另一端穿过机械仪器的孔洞分为无数密密麻麻的细线分别连接到一个头盔表面的不同位置上。
鬼医将头盔戴上惊慌失措的6号病人头上，启动机械仪器，灵魂大脑开始运转，6号病人身体马上出现痉挛。
见此，鬼医停下机器，调整细线的位置，再次启动机器，但病人还是痉挛起来。如此反复，飞星察觉他在测试怎么将那台灵魂大脑连接上6号病人。
“要不要救他？”龙龙灵魂沟通道。
“先别出手，调查完整个地下基地再动手，我们主要目标还是找到他们与小果的关系。”飞星灵魂沟通道。
两人继续前进，来到左中方的试验间。两人往下看，这个房间比较空阔，除了摆放一下靶子杂物，还在4个角落处放了不少人形红水晶，它们的大小与人类一般无二。
这房间没有人，灯光亮这着，隔壁的惨叫声不断，应该还在做实验中，飞星与龙龙赶紧跳下来，通风道里面太狭窄，憋得慌。
拍拍身上积累的灰尘，飞星去到房间角落查看那些红水晶，它们栩栩如生，头发都是一根一根的，甚至还有指纹。
飞星十分好奇这些红水晶是怎么制成的，这里起码50多具红水晶，如果是靠人工雕刻，那得花费多少精力。
飞星碰了红水晶的头发，啪一声，一根头发断裂开来，材质很脆，更不能是人工雕刻做出来的。
“飞星，我知道他们是怎么制作出来的了，赶快过来看看。”房间的另一边的龙龙灵魂沟通道。
飞星走了过去，发现龙龙所说的是真的，因为他们眼前有一个半红水晶半肉身的人类。
那个半水晶人已经没有生命特征，死去多时，他**着身，仔细观看其表面，可以发现剩下的半截身躯也在缓慢水晶化，皮肤在变硬，血液渗透到全身，逐渐变红。
这是飞星与龙龙从没见过的事物，究竟是什么科技或魂术，竟能让人类变成红水晶，两人都被这种现象震撼到了。
“那鬼医还是很有本事的，等下出手别杀死那鬼医，他的研究成果或许对我们新人类都有好处。”飞星灵魂沟通道。
龙龙点了点头。这里没有其他有用的东西查看了，两人便前进到下一个房间。
左上方的人偶工厂是没有开工的，完全黑暗，没有开灯。不过相对的是，这里也没有人，行动方便。
飞星龙龙使用荧光魂术刚一照亮，眼前便是一个惨白的人脸，吓人一跳，不过仔细一看，那只是长得吓人的人偶。
在这个房间，到处都是制作人偶的生产线包含各种零件与工具，飞星两人发现唯一有用的信息是发现了和之前搬运尸体的那对男女胸前相同的黑色三角装置。唯一不同的是，飞星他们发现的装置里面是没有灵魂的。飞星判断，那对男女应该是人肉傀儡，肉身还活着，被去掉灵魂，用这三角装置控制。
接下来是兵器工厂，这里有光，生产线机器也在运转，但是没有人在运转，而是一个个木偶人在作业生产。飞星与龙龙终于知道这些木偶人的主要作用了，他们动作十分机械，一直在重复一个动作，像个机器人一样代替人工，飞星与龙龙站在它们面前也不会引起它们的反应。
它们在批量生产一种乒乓球大小的球状魂器，飞星与龙龙拿起来几颗研究了一下，这球状魂器的表面写着“恶鬼”两字，用途不明。
不过比起这种球状魂器，兵器工厂中三个结界里的东西更让飞星感兴趣。结界里各自存放着一个直径2米宽1米的溜溜球一样的机器，其材质是钢铁，内部齿轮咬合非常紧，工艺水平相当高。一条钢链缠绕在滚轮中心位置，钢炼头部绑着一个非常奇怪的大箭头，上面布满金纹。毫无疑问，这是一件自主行动的武器。
两人继续前进，来到了中上方的灵魂实验室。这房间也没有灯光和人，不过这里却能看得清周围的环境，因为有很多发光的魂体，都被封印在结界里保护着。