【第一卷】燃尽世界的火种
佣兵少女艾斯特基于某种原因不得不靠冒险维持生计，她进入“猎蜂佣兵团”这个只有男人的团队已有两个星期，自感是时候退出的时候，果然，某次成功拿下魔物据点后，佣兵团同伴的男人向艾斯特告白遭到拒绝便意图使用强硬手段，被艾斯特轻松摆平。为了不再遇到这样的事情，艾斯特决定自己创立一个史无前例的少女佣兵团。前往商业之都购买资材时于地下拍卖会买下一见钟情的精灵菲娅娜，却为如何相处伤透脑筋。在只有两人的冒险中，艾斯特的温柔逐渐融化了隔在两人之间的坚冰，但此时的艾斯特并没有意识到自己乃至世界的命运轨迹将因为这个精灵少女发生改变。
经历的事件大致依次为：两人初次的冒险、篝火之夜、帮助途径的村庄击退魔物、城镇的购物、联邦参议员的拜访、遭遇以前的佣兵团袭击并反击、参议员被不明势力暗杀、卷入纠纷、琳蒂丝解围、暂时作为琳蒂丝的部下参加联邦与共和国的战争、逛街时与半兽人少女奥莉薇娅相遇事件、作战开始、战场与奥莉薇娅相遇、初战告捷、与检邪除秽厅特种部队交手、安洁莉娜登场与退场、共和国军撤退、胜利庆祝之夜争吵、菲娅娜离家出走、与安洁莉娜的战斗、和好、得知菲娅娜的秘密。
尾声：安洁莉娜的迷惘、被俘的奥莉薇娅选择成为部下
【第二卷】跨越时空的警示
伊尔斯大陆上空突然出现了一座造型奇特的悬浮宫殿（实际上是先史文明时期的飞船，无人驾驶状态），正享受着魔导革命带来的诸多便利的各方势力（包括教皇国在内）自然也不会放过得到这一超古代文明遗产的机会，争端一触即发。原本是不同戴天的仇敌的安洁却出现在了艾斯特的面前，请求合作，报酬是放弃对菲娅娜的追击并献上自己……艾斯特惊异地发现，不知为何，安洁正处于与教会断绝联系的状态，此时的她莫名的无助。（第一卷的行动失败使得安洁受到政敌攻击，处于被开除教籍、圣域之杖被没收的状态）
但很显然，此次的行动成果将成为安洁反击政敌，重新回到教会权力中枢的筹码，这个玩弄人心的小恶魔不见得之后会乖乖遵守约定，对此，艾斯特选择了相信安洁莉娜，为此还和菲娅娜发生了争吵。
为了避免事态进一步升级以至于发展为战争，联邦、共和国、教皇国、矮人国四国达成协议，由各自国家的选出的冒险团负责该区域的侦察（主权占领），艾斯特一行人凭借驯服的飞行魔物进入宫殿展开探险，在其中一个房间里发现处于休眠状态的机械种梅朵（失忆状态），随着调查的深入，愈加发现该宫殿的深处可能封印着什么可怖之物。（此飞船为隔离实验船，其用途在于当实验品失控之时将整个飞船沉入异次元，与现实空间断绝联系，从而实现隔绝神之诅咒，“危险的实验品”为旧人类捕捉到的下级外神）
与此同时，由数位枢机卿特别授权的圣十字军精锐——咒刻圣骑士团违背协议也潜入了进来，他们似乎有着特殊的使命……
事件：参加贵族的庆祝宴会、与奇怪的帝国贵妇人相遇（艾斯特的姐姐卡特琳娜），青年贵族向菲娅娜的求婚与艾斯特与其的决斗，格里芬公爵领的小骚动、菲娅娜亲卫队诞生的瞬间，空中宫殿出现，安洁莉娜出现在艾斯特房间，可怕的修罗场，四国协议、国家代表探险团的选拔，进入宫殿、迷宫、解密、沉睡的神秘少女（梅朵·夏洛克），灭亡者致未来人类的警示信，教皇国的暗跃，“神之子”试验品暴走，与安洁合力击败外神，被教皇国军队包围，关于信仰的争论、一部分骑士倒戈，陷入混战，空中宫殿坠落。
尾声：安洁莉娜弑父，并控制教皇国，教皇国易主。
【第三卷】沉湎过往的愚者与迈向未来的智者
本来背叛了合作，并以年幼之姿登上教皇之位的安洁莉娜，不知为何开始对菲娅娜的事情睁一只眼闭一只眼，虽然是好事，但善妒的菲娅娜总是怀疑另有隐情，对此艾斯特也感到很无奈。
为了避免不必要的麻烦，艾斯特本想和琳蒂丝告别后带着朋友（后宫）离开联邦，准备前往不受圣十字教影响且包容异民族的伊特纳米公国，采取乘船到南方的小国群落，再向东绕过教皇国的路线，却不料正想休假玩耍的琳蒂丝偷偷跟了过来。一路上享受着当地人土风情，并解决了若干个小事件，来到了艾斯特的故乡卡思诺齐亚帝国。分头行动的时候，艾斯特遭到精灵少女卡米拉的袭击，一路被追杀，最终在菲娅娜的解释下解开误会，原来卡米拉是菲娅娜的妹妹。
之后得知一支奴隶商队正途径所在的城镇，而卡米拉来此的主要目的便是带着仅有的几个同伴解救被奴役的族人，于是艾斯特一行也卷入了这次事件中，与此同时，无法忍受残暴领主的高压政策的市民发动了叛乱，这成为了帝国毁灭的前奏曲。
菲娅娜也在再次亲眼见证叛乱与镇压，以“自由”为名的暴力与以“平乱”为名的屠杀……种种人类之恶后变得情绪不稳定了起来，或许唯一有力量改变这个世界的自己，不应再如此逃避下去了，菲娅娜开始有了这样的想法。艾斯特的真实身份也将在此卷揭秘，两人原本单纯的关系开始变得复杂，友情（？）的力量究竟能否斩断仇恨的锁链呢？
事件：离别与约定，意外的同行者，途径村落、解决小魔浪事件，菲娅娜的故乡、物是人非，美丽的水上都市、夜游，雨中露宿，占卜卖艺赚取路费，小扒手与救济，来到帝国、走散（艾斯特和梅朵，菲娅娜和琳蒂丝、奥莉薇娅），闹剧，协商作战，菲娅娜与妹妹的争论（寿命论出现），城镇的叛乱，暴力即自由、自由即暴力，与叛军领袖的会谈，与领主军的初战，短暂胜利，帝国军来袭，艾斯特与姐姐的谈判，受共和国间谍煽动导致叛军暴走，叛军被血腥镇压但又产生全国性的动乱，共和国军现身在疲惫的帝国军前，三方混战，艾斯特一行成功撤离。
尾声：帝国分裂，帝都墙建立