大蛇丸曾经也是一位充满理想的少年才俊，天赋极高，崇尚科学，是第三代火影的高徒，甚至一度被认为是三代火影的接班人。可惜，大蛇丸太过沉醉于科学，甚至违背人道主义精神，搞一些活体实验、基因突变、长生不老的东西，大蛇丸真的是一个天才，鼓捣了半天还真把长生不老给研究出来了，可他最终也和自己的老师三代火影分道扬镳。
大蛇丸是激进的，他清楚地看到像老师那样的温和政策是不可能拯救木叶村的，所以大蛇丸不惜与木叶高层鹰派团藏合作，甚至害死自己的老师，都要在木叶村进行最激进的流血革命。革命失败后的大蛇丸被三代火影封印了双手，也开始了流亡国外的生活。
自来也在这场政治斗争中的定位很有意思，值得注意的是，这么多人中只有自来也有一个作家的身份，他是唯一一个出过书的人，写的还都是畅销书，《坚强毅力忍传》还有他的“热情系列”，至于书中的具体内容，我们不好评价，但这一特质，让自来也的行事风格充满了理想主义。
他虽然怀疑木叶村的政治制度，但又无法与之彻底决裂，在摇摆中选择了渐进性的改革，而大蛇丸对于自来也这种**的态度是极其不满。这种危险形势下的摇摆不决，也为自来也后来的牺牲埋下了伏笔。
外部威胁则主要来自以晓组织为代表的反动势力，宇智波斑、宇智波鼬、大蛇丸等人都是或曾是其中的一份子。晓绝对算得上是《火影忍者》中的头号恐怖组织，尤其喜欢搞核武器（尾兽），还喜欢抢别人国家的核武器。后来阴谋败露，成为了世界的敌人。仅就木叶村来说，提起晓组织，有着太多的伤疤。木叶村的忍者们很多都直接或间接的死在晓组织的成员手上，像自来也、阿斯玛、四代火影等。所以晓组织被木叶村塑造成了一个“他者”，一个实力强大并企图颠覆木叶政权的“他者”。
木叶村鹰派高层将晓组织妖魔化，在很大程度上是为了转移内部的矛盾，因为消灭了敌人，自己就是英雄，至少可以获得村民的支持，二是可以把温和的改革派架在火上烤，因为单凭改革派的力量，也不足以消灭晓组织，阿斯玛与自来也之死就是最好的证明。
所以如果改革派继续走一个怀柔政策，则会被鹰派指责无所作为，而选择与晓全面开战，获胜的可能微乎其微，毕竟晓组织手里有核武器。这种两难境地是改革派不愿意面对的，也是最麻烦的地方。
一个忍者世界，无论是明面上的忍界大战，还是暗中的刺杀与制衡，都是受到各种势力间力量的牵制，在三代火影及其之后的木叶村，表面平静的水面下，早以波涛汹涌。在派系上，无论是倾向于改革、革命、温和还是守旧，在方法上，无论是坚信爱、艺术、力量还是科学，无非都是选择路径的差异，但终点必然是一场改变世界格局的战争。
不过，有了龙兴奉这个巨大的变数，忍界格局当改。
木叶这边，龙兴奉没再关注，局势已经明朗，结局是木叶赢。
大蛇丸双手被废，忍术砍掉十之八九。砂隐村独自面对木叶全部忍者，自然不行。而且，最大的底牌人柱力，也被打败。
相信这个消息传入他们耳中，一定会让他们军心瞬间溃散。
这边，龙兴奉带着绫子，径直前往那片初遇之地。
暗影森林。
夜鸣湖畔。
这里，是初始，是龙兴奉来到忍界的最初之地，是龙兴奉与绫子的初遇之地，是忍界变数的伊始。
而今，也是最适合画上句号的地方，给忍界画上句号，给村国制，忍者为主的世界，画上终焉的句号。
初始即终结，希望即绝望。
正如人之一生。生来，便注定死亡。
百年时间，不过是一场早已注定结局的旅程。所谓人生，不过是骤起的火花，转瞬即逝。
不论世俗高度如何，钱财，权力，恩怨，爱恨，离别，痛苦，幸福，这些，在最终的结局面前，都只是一抔黄土。随时间消散。
于此，为人理的终结。
亦是，梦幻未来的伊始。
“于人理末途，文明终点，森罗时世一切，断前舍往，此为承启新理！！”
“此名！！”
“终焉之城！！！”
关于晓组织，龙兴奉也根据前世的了解，以及实际的情报，做过详细的了解。
本体
佩恩的本体，在429话中小南叫佩恩长门。
长门是雨忍忍者的孩子，在忍界大战中，父母都被杀，成了孤儿。与弥彦和小南一起遇到了木叶三忍，大蛇丸想杀了他们，但自来也却收他们为徒，教授他们忍术。长门平时，头发遮住了整个眼睛，性格也比较胆小。有一天，弥彦在外面被一岩忍中忍袭击而受伤，小南跑回找来了自来也。当自来也赶到时，发现长门已经杀死了中忍，脸前的头发也打开，露出了他的轮回眼。有人说长门是为了保护同伴而开的轮回眼（就像写轮眼的开眼过程一样），也有人说长门的眼是一直开着的，只是被头发遮住而已。据长门自己回忆，当时他失去了意识，晕了过去，等恢复意识时，发现那个中忍已经倒下了。
长门是比较胆小的，他不可能一个人挑战中忍，他也没有那么强的实力，由此可以判断，长门的轮回眼也具有意识，并在关键时刻成了长门意识的主导。现在正在木叶附近指挥佩恩与鸣人的战斗,正要成功时，四代火影出现在了鸣人的意识里，鸣人和他谈话，从地爆天星里面出来了。长门吐血，小南在一旁十分担心，可是长门叫他不要管。
当佩恩被鸣人用螺旋丸打败后，鸣人追踪到了长门的所在，是被小南的纸形成的一棵树。
鸣人冲进树内，小南想保护长门，但长门让小南退下，与鸣人谈论和平的事，他还说他与鸣人都是根据自来也的理想——和平而努力着，但方式不一样。
鸣人与四代的谈话中，得知十六年前让九尾来进攻木叶的幕后元凶的宇智波斑，而四代当时觉察到了，斑将四代的忍术全部识破，是个很强的对手，四代明白，如果要打败宇智波斑，就要使一个人能够用九尾的力量往善的方向打败斑，而四代选中了自己的儿子鸣人。并解释这件事的真正含义，让鸣人自己想深奥的地方，为鸣人修好封印后走了。
长门心理和身体受过重创，所以使自己的思想变的嗜杀，与弥彦的理想都是征服世界，也都是为了和平。某次战斗中团藏擒住了小南，以此威胁长门杀掉弥彦，令人意外的弥彦为了他们两人能够活下去，借长门的手自杀了，而弥彦的身体便成为了长门的天道。身体的重创，可能是他因为思想变化，修炼一些对自己伤害极大的忍术，导致自己身体的功能丧失，只能靠已天道为首的六道来执行自己做不到的事，而进攻木叶是受斑的唆使，被斑利用，如果说这时的长门是个木偶，那斑就是个木偶师，但是利用关系，线必须掌控好，这样才能使自己的“木偶剧”更成功。
长门、斑、绝这三人看似是铁三角，其实并不互相信任，都是存在你帮我我帮你的关系，这也最容易破裂。
至于长门为什么可以操控六道，应该是精神力量，因为运送查克拉肯定会被察觉到，而精神力量就不同了，用的查克拉都是六道本身的，就相当于将意识传达，这就可以解释佩恩使用神罗天征后，其他五道还可以自由活动的原因，佩恩一人需要休息，但长门因副作用吐血，这就可能是这个术的弱点。
长门很强，但是过多的修炼禁术使自己人不人鬼不鬼，虽然有天下第一瞳术轮回眼，但频繁使用使自己的健康慢慢被吞噬，最终自己只能靠六道这几个傀儡做事，但长门也很可怜，拥有邪恶的轮回眼不是他的错，从小受到的创伤太多了，不管是身体上还是心理上，所以自己为了不再受到伤害，变得冷酷，甚至有点为强大为征服世界不择手段，不止是伤害自己，就算现在如果让他达成征服世界的愿望，条件是杀死自己所有朋友（包括小南和晓的成员）他也会愿意，甚至一点也不会惋惜。
长门的能力因为轮回眼，所以几乎所有忍术都会，以前的长门健健康康是使用那些副作用小的禁术，而现在，不管副作用多么大他都会用，这也是造成这样的重要理由。
【痛苦？和平】长门，这个充满传奇色彩的人物，被人欺骗，被人欺负，父母早逝，好不容易在自来也那里尝到了爱的滋味，但又因自来也回村，自己又受到创伤，从而变成现在的长门。
长门，与弥彦好朋友很久，但因为恐怕失去位置的雨忍头目半藏与垂涎火影位置的木叶暗部团藏，骗了长门、小南、弥彦，将小南抓住，并让长门杀掉弥彦，否则他们杀掉小南，弥彦叫长门杀了他，长门拒绝，弥彦则借助了长门的手自杀。。这使长门再次失去了重要的朋友。。