凯恩的归来，另NOD再次燃起了希望。
在破坏掉GDI的导弹拦截系统之后。
NOD，向外太空，发射了一枚导弹。
目标，正是GDI高层聚集着的开会地点，费城空间站。
GDI高层全灭，行政能力近乎瘫痪
第二次泰伯利亚战争打响。
在经历很长时间的战斗之后，GDI，利用离子炮和从NOD手中强夺的液态泰伯利亚核弹
在欧洲，造成了一次巨大的爆炸
泰伯利亚的晶体结构十分不稳定，一旦一个晶体失控爆炸，那么就会引发连锁反应，将附近的泰伯利亚也一并引爆。
而这次爆炸，席卷了近乎整个欧洲，数百万人死亡。
也吸引到了隐藏于太阳系边缘，与泰伯利亚有着直接联系的外星文明。
思金人。
它们的一切都是谜，它们来到地球，只为占领地球，采集成熟的泰伯利亚晶体。
而遭遇到了人类的反抗。
它们在全球建立了数座巨塔，以便于部队的传输与晶体的采集，它们，依赖晶体生存。
GDI迅速组织起了防线，并开始攻击这些巨塔。
而凯恩，则不以为然，他向整个NOD说，巨塔将会是他升天的唯一途径。
在经历数次冲突之后，GDI和NOD，达成了和平协议，但很明显，NOD骗了GDI，在搜集了大量数据之后，引导思金人，毁灭了一座城市。
而这座城市，就是后来故事的主角，所生活的城市，但那都是后话了。
在经历大量战争之后，GDI与NOD成功打到了最后一座巨塔的所在地，零区，泰伯利亚陨石落下的地方，这里已经变成了外星地貌，离子云笼罩天空，而时不时的闪电更是劈到了地上，引起一波又一波小范围的晶体爆炸。在经历一段时间的战斗后，思金人的中枢节点被毁，舰队被迫撤离，而NOD领袖凯恩，成功升天，带着NOD大量人员走进巨塔不见踪影。
GDI夺回了地球的控制权。
但，这种权力会长久吗？
几十年后。。。。
思金人的军队仍然在时不时对地球发起进攻。
而GDI最新研发的科迪亚克号战舰群完全可以与之一战。
NOD方面的残留军队仍然在骚扰GDI的防线。
这样的状态持续了数年之久。
但就在一天。巨塔被启动，凯恩带着之前跟随一起“升天”的人们回到地球。
NOD军队士气大涨，在凯恩与Legion的指挥下，迅速夺取了南太平洋地区和非洲地区，南美地区的控制权。
而思金人则在南极建立起了远征军总部。与南太平洋的NOD军队与南大西洋的GDI进行争斗。
而此时的主角。。。仍然在沉睡。。。。