在处理了一些琐事之后，小智他们将再次开始旅行，而他们这次的旅行地点，将是海上的橘子群岛。
听闻小智他们要去橘子群岛旅行，大木博士想起了一件事情：“小智啊，你们去了之后，先到内木博士那里去一下，好像她发现了一个奇怪的精灵球，无法使用传送机，你去了之后可以顺便带回来给我。”
“好的，没问题，”小智笑着说，“对了，我要去橘子群岛，那个地方肯定有不少的地方值得调查，尤其是那些迁徙的小精灵。你有没有什么吩咐啊？”
“这个暂时没有什么事情，对了，如果你有什么新的发现，记得及时的联络我。”
“没有问题，那么我先走了。”
跟母亲交代了一番之后，小智和同伴们一起踏上新的旅途。
如果要想到达内木博士所在的岛屿，可以坐船，也可以坐飞行船。原本小智摸了奖之后中了飞行船的船票让小霞和小刚无语了一把，但是当小智看到那个矮矮的喵喵扮的机长之后，小智突然开口说：“对不起，我有点晕机，先走了。”说完，小智拉起没有反应过来的小霞和小刚，赶紧开溜了。徒留火箭队三人组在寒风中萧瑟。
“小智，怎么了？”小霞没好气的问小智。
“他们是火箭队的那三个家伙！”小智有些后怕的拍了拍胸口，擦掉额头上的冷汗，开口解释。
“什么？！是他们那几个家伙？”小霞大惊失色，小刚也有些恍然大悟。
“就是他们。”小智笑着说，“如果只是他们还好说，但是你们想想平时火箭队的那三个家伙老是用破铜烂铁造东西，你们放心坐他们造的飞行船吗？（小霞和小刚连连摇头）所以说嘛，当然要赶紧开溜，否则没带飞行系的小精灵的我们，在天上要是出了什么事，那可就……所以说，小便宜不能占。”
“有道理，那我们还是去买船票吧。”
“当然，虽然慢一点，不过我们可以在海上训练一下小精灵，小海狮也可以好好的玩一下……”
“好了，不用说了，你这个超级奶爸！”小霞无奈的看着越来越有奶爸气质的小智，打断了他的话头。
“巴尼~~”被放出来的小海狮开心的拍着手掌。“小海狮看上去很高兴呢，我们赶紧冲过去吧，我感觉到大海在召唤我。”
“什么啊，你还真能说！”小刚无奈的看着孩子气的小智，加快了脚步，跟了上去。
“说起来，好像有什么事情，我一直忘了说。”小霞看着再次出发旅行的小智，突然感觉到自己似乎是忘了什么事情。
“啊？”小刚看着不解的小霞，提醒说，“如果有什么东西忘了，赶紧想想，免得半途中又急着用。”
“嗯，似乎有些模糊了，”小霞喃喃自语，“好像是最初旅行的时候的事……对了，小智，我的脚踏车，你一直没有赔给我！”终于想起了脚踏车的事情的小霞，冲着小智大声喊道，让正在欢呼的小智差点栽倒在地上，连小智肩上的皮卡丘都差点栽了下来。
且不提在游轮上享受海风的诸位，也不提因为小智避开没坐飞行船而贪小便宜搭乘飞行船跟踪小智、最终遭灾的火箭队，这个时候联盟的冰系天王科拿小姐，在完结了自己手头上的紧急事务之后，也搭乘着自己的私人小艇，向着自己的故乡驶去。
而与她同行的还有龙天王，龙使者渡。
“渡，你可以趁着现在没外人，跟我讲讲你跟你那位‘小朋友’的故事吗？”科拿推了推鼻梁上的眼镜，一本正经的“八卦”着。
“我们哪有什么‘故事’，我们只是笔友而已。”渡不理面前眼中满是戏谑的科拿，兀自看着手中的调查报告，最近橘子群岛附近似乎有些不法分子出没，看来最近要加强管理力度。
“‘只是’、‘笔友’？我倒不知道，‘只是’笔友，居然会互赠这么贵重的小精灵——哦，对了，你的还没送呢，不过我猜这个肯定也是极为珍贵的小精灵吧。”
听到科拿的话，渡不知怎么的下意识的握住了腰带上的那个化石翼龙的精灵球，心中一阵恍惚。
看到渡如此状态，科拿暗自想道，原本我也只是开玩笑，不过看你这个样子，恐怕还真不是“笔友”这么简单了。
而渡心中所思所想，则又是另一番光景。
“对小智那个家伙，我真的只是把他当做笔友吗？”渡心中已经不再那么的确定了，可是让他接受自己是个……又有些困难。望着自己手中的精灵球，渡叹了一口气：“就算我自己真的是栽在他手上了，小智恐怕心中根本就没有那种想法吧……”
兀自烦恼的渡，完全没有发现，现在再将小智带入那种幻想的时候，心中几乎没什么排斥感。
事情慢慢的发展着，至于未来会变得怎么样，那就未来再说吧。
我们的镜头再次转回小智他们那边。
小智的海上之旅花了一天一夜。在这段时间里，蚊香蛙不断地跟着游轮在水中奋力拼搏着，很快的就适应了大海，身手变得矫健起来，虽然没有学会什么新的绝招，但是很明显蚊香蛙的各项素质都有提升，如果有小精灵服务生在，他们一定会评价着说，“身上洋溢着大海的气息。”
而到达了内木博士所在的岛屿之后，小智并没有急着去找内木博士的研究所，而是找了一个海沟，让蚊香蛙进行深海训练。在深海水压的帮助下，蚊香蛙的实力大幅度的提升，终于在小智认可了之后，塔拿着小智准备已久的水之石，进化成为了最终形态的快泳蛙，水系格斗系的双系小精灵。
进化之后，它拥有了比以前更加强大的力量，更是学会了健美、地域滚动等绝招。想起城都地区的道馆馆主阿四也有一只实力非凡的快泳蛙，小智决定一定要好好的培养自己的这个小精灵，到时候再与它一决胜负，比一比谁的小精灵厉害。
没有想到的是，小智他们还没有找上内木博士他们的研究所，内木博士已经先行出现了。
原来小智训练所在的那个海沟，正是内木博士培育小精灵常去的几个地方之一。在这里，小智遭遇了陪着水系小精灵一起游泳的暴鲤龙，在一番惊吓与手忙脚乱后，小智一行人跟着内木博士一起前往研究所。
在研究所之中，内木博士将GS球的奇特之处一一告知，让小智在结束了橘子联盟之后，返回真新镇顺便再带回去。
同时，对内木博士一见钟情（？）的小刚，决定留在研究所照顾博士及其助手们，并且说了一些让人不明所以（例如小霞）、满头黑线（例如小智）的故作高深的话。
希望这次不要再被甩了，小智默默地想。不过，虽然他已经有些不记得前世的那些记忆了，但是还是记得后来的几个联盟，小刚都有跟着去，那么这次小刚的恋情结果……自然不言而喻。不过，他是怎么被甩的呢？小智有些好奇的不厚道的想。
离开的时候，内木博士赠送了小智一只走路草。
对于这个走路草，小智是在跟博士一起观察霸王花传播孢子时遇到的。橘子群岛这里的气候与其他的地方不同，所以小精灵的体制、能力等等也都有所不同。小智在这里与内木博士探讨了地域对物种造成的影响，让内木博士十分的感兴趣，并且介绍了这个时常在研究所附近出没的小精灵。
没有想到的是，这个走路草一反不喜争斗的草系小精灵的常态，反而十分的活跃，而且看她的样子，还十分的臭美，时常做些让小智有些哭笑不得的举动。
小智发现该走路草的叶片有些与众不同，与一般的走路草相比，似乎颜色有些鲜艳。
小智极其喜欢这个小精灵，并且也打算进行一下芳香疗法的研究以及该地物种特异性的研究，在让快泳蛙打败了走路草之后，将这个臭美的小家伙收服了。
对于它，小智心中已经有了打算。走路草有两种最终形态，一种是草系、毒系兼有的霸王花，另外一种是十分可爱漂亮的美丽花。如果仅从医疗小队的方向上面思考，似乎是霸王花比较好——这样对于毒粉的研究也有一定的帮助，但是看这个小家伙的性格，恐怕美丽花更加的适合她。
果不其然，在看了两种进化形态之后，走路草毫不犹豫的选择了美丽花。对此，小智笑了笑，心中暗自思考着在哪里可以得到太阳石（之前有一块被用掉了），便跟着小霞一起离开了内木博士的研究所。
不知道怎么的，没有了小刚在队伍里，无论是小智还是小霞，都觉得有些怅惘，有些不自在。尤其是在午餐的时候，小智虽然做的甚至比小刚的味道更好，但是不知道怎么的，就是没有那种快乐的氛围了。
不过，新的旅程还没有结束，之后还会发生什么呢？敬请期待下一话。